ISAPI_Rewrite 3 - Gestion plusieurs sites

Bonjour à tous,
Je viens de passer à la version payante de ISAPI_Rewrite 3 afin de pouvoir gérer le rewriting de plusieurs sites.
Avec la version gratuite, la gestion avait lieu par le fichier httpd.conf
Grace à la version payante, je peux par IIS et le filtre ISAPI 'personnaliser' mon rewriting avec 1 .htaccess par répertoire/site.
Seulement voilà.... 1 fois tout installé, je me rend compte que c'est le httpd.conf (à la racine et gérant tous les sites) qui garde la main! si je le suspend ou le renomme pour le neutraliser, le site qui était géré précédemment (et maintenant passé par un .htaccess) indique une erreur 404 pour cause de redirection en boucle!!!

Désolé pour cette longue et indigeste explication. Je suis débutant en la matière, et aimerais avoir la procédure à suivre pour tout mettre d'aplomb!

Merci d'avance pour votre aide