Lecture de fichier en BioPerl

Salut,

Je souhaite trouver l'équivalent BioPerl de ceci :

PERL :

Code:

1
2
3
4
5
6
open(IN, "file.txt");
 
while(<IN>){
       #Traitement de la ligne
}
close(IN);

BioPerl :

Code:

1
2
3
my $in = Bio::SeqIO->new(-format => $format, -file => "file.txt");
 
#Voilà je ne sais pas le lire ligne à ligne en l'ouvrant de cette manière

Demande à un modo ou à djibril de déplacer ton sujet dans le forum perl/bio-info et profite de ce temps pour lire la doc du module :

Code:

perldoc Bio::SeqIO

Il faut que tu travailles avec l'objet $in que tu as créé. Petit exemple de code :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $file, -format => 'fasta' ); while ( my $obj = $in->next_seq() ) { my $name = $obj->display_name; my $seq = $obj->seq; print "$name\t$seq\n"; }
Je te conseille également de lire la doc pour chercher les fonctions qui te sont nécessaires (séquence, longueur de la séquence, nom, description...)

Je te remercie pour ton aide, je sais que grâce à la fonction open et au handle de fichier on parcourt le fichier ligne à ligne.
Je pensais que l'utilisation du next->seq(); mettait en mémoire une partie du fichier et non qu'il le lisait ligne à ligne, j'ai cru qu'il gérait les lignes du next->seq(); comme un tout.

En tout cas merci, je voulais savoir car je dois extraire toutes les infos d'un fichier donc je les extrait via les fonctions comme :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 #Numéro d'Accession my $num_acc = $seq_object->accession(); #Description my $desc = $seq_object->desc(); #Version et N° GI my $gi = $seq_object->primary_id(); my $version = $seq_object->version(); #Organisme my $espece = $seq_object->species()->node_name(); #Classification my @classification = $seq_object->species()->classification(); @classification = reverse(@classification); my $classification = join("->", @classification); #Sequence my $seq = $seq_object->seq(); #Annotations my @annotations = $seq_object->annotation()->get_Annotations(); #Features my @features = $seq_object->get_SeqFeatures();
Cependant toutes les informations ne sont pas extraites, par exemple le "->annotations;" ne permet pas de récupérer dans un fichier GenBank le nom du Journal, il récupère au mieux le titre de l'article.

J'ai donc récupéré via une expression régulière les lignes manquantes.
Voilà pourquoi je souhaitais parcourir ligne à ligne.