Discussion :

[Joda Fanantenana]

Bonjour,
j'ai utiliser le fonction "render"(library knitr et rmarkdown) pour générer une sortie d'un pdf ou html de markdown, j'ai le problème:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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render(input = "tsotra.Rmd", output_file = "markdown.pdf")
Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available).

J'ai déjà suivi la piste https://stackoverflow.com/questions/...-found-r-shiny
mais je n'ai pas réussie à résoudre mon problème .

Mon code est:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")
Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc")
 
render(input = "tsotra.Rmd", output_file = "markdown.pdf")

[mgdondon]

Bonjour,

L'emplacement du programme Pandoc dépend de votre système.

Si j'exécute la commande depuis RStudio :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> rmarkdown::render(input = "D:/temp/test.Rmd", output_file = "D:/temp/test.pdf")
 
 
processing file: test.Rmd
  |.................................................................................................................| 100%
  ordinary text without R code
 
 
output file: test.knit.md
 
"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output pandoc1520475425fe.tex --self-contained --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics --lua-filter "C:/Program Files/R/R-4.0.2/library/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua" --lua-filter "C:/Program Files/R/R-4.0.2/library/rmarkdown/rmd/lua/latex-div.lua" --variable "geometry:margin=1in" 
 
Output created: D:/temp/test.pdf

depuis R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> rmarkdown::render(input = "D:/temp/test.Rmd", output_file = "D:/temp/test.pdf")
Erreur : pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available).
> Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc")
> rmarkdown::render(input = "D:/temp/test.Rmd", output_file = "D:/temp/test.pdf")
 
 
processing file: test.Rmd
 
  |                                                                            
  |                                                                      |   0%
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  |......................................................................| 100%
  ordinary text without R code
 
 
output file: test.knit.md
 
"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output pandoc116c6fe3981.tex --self-contained --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics --lua-filter "C:/Program Files/R/R-4.0.2/library/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua" --lua-filter "C:/Program Files/R/R-4.0.2/library/rmarkdown/rmd/lua/latex-div.lua" --variable "geometry:margin=1in" 
 
Output created: D:/temp/test.pdf

Cordialement,

[Joda Fanantenana]

Merci pour ta réponse, j'ai testé mais toujours une erreur(avec Rstudio).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 >Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")
[1] "C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"
> Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc")
> rmarkdown::render(input = "tsotra.Rmd", output_file = "tsotra.pdf")
Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available).

[mgdondon]

Bonjour,

L'instruction Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC") permet de connaître le contenu de la variable d'environnement mais vous devez déjà l'avoir modifiée. De plus votre instruction Sys.setenv() ne sert à rien puisque vous conservez la même valeur.

Il faut indiquer le chemin sans le nom de l'exécutable, donc à priori "C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc".

Cordialement,

[Joda Fanantenana]

Merci beaucoup de ton aide, c'est résolu