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Plus de précisions à propos des données :

J'ai 1 data.frame initialement :


print(dim(data_new_germline))
[1] 16605 23

print(head(data_new_germline))
chrom position ref var...

Merci. Je vais essayer de résumer en un petit exemple reproductible.

Mais déjà est-il possible de me dire si certaines personnes ont réussi à renvoyer des data.frame ? Je m'étais penchée sur les...

Bonjour à tous,

Je suis en train de transformer une boucle for en une fonction apply car la taille des données traitées devient importante.
J'arrive à utiliser apply ou sapply habituellement...

Bonjour à tous,

Je travaille sur la question de la puissance statistique dans le cas de comparaison de proportions. Je cherche à calculer la différence que je peux mettre en évidence avec une...

Autant pour moi, la méthode stepAIC peut bien s'utiliser sur des modèles de Cox :aie:
Exemple, si quelqu'un venait à chercher :


modele_back= coxph( formula=Surv(data$OS,data$DECES) ~ ...

Bonjour à tous,

Je dispose de données de survie et d'une quarantaine de variables explicatives. Je sais faire de la sélection de variables dans des modèles linéaires avec la fonction stepAIC(). Il...

Merci à tous les 2 !

Quand j'ai besoin de chercher le pattern "synonyme SNV" dans une liste de "synonyme SNV" et "nonsynonyme SNV", la solution avec grep +$ ne suffit pas.

La solution avec la...

Bonjour à tous,

J'ai besoin de rechercher une chaîne de caractères (par exemple TEKT4) dans une liste contenant TEKT4, TEKT4P, ...
Je souhaite ne récupérer que mon mot initial et pas TEKT4P. Avec...

Bonjour,

Je ne veux pas diviser mes fréquences par l'effectif total, je veux "normaliser" mon nombre de mutations.
Exemple : Une zone de 100 mutations dans une bande cytogénétique de 1000...

:ccool: ça marche bien, merci. Le seul petit bémol est que je "perds" la catégorie quand j'écris les résultats dans un fichier :



instabilite_loh=table(data_loh_instab$cytoband)[...

Bonjour,

J'utilise table() pour trouver le nombre d'éléments (mutations) qui se trouvent dans différentes catégories (des bandes cytogénétiques)

Pour cela, j'utilise :

...

Ok. Merci beaucoup pour ces explications :ccool:

Merci beaucoup !
Effectivement, avec


je récupère bien :

de

Mais je comprends mal les 2 premiers arguments
qui sont censés être un pattern et un objet à remplacer ?

Bonjour,

Je cherche à récupérer des éléments de longueur variable dans une table à dimension variable.

Voici une partie de mes données :

...

Bonjour,

Je souhaite faire une correction de Sidak sur mes p-valeurs. J'ai trouvé le package mutoss, avec les fonctions sidak et SidakSD.
Avec ceci, la fonction sidak me donne le même nombre de...

Super, c'est ce qu'il me faut ! Merci :ccool:

Sinon, je voudrais aussi savoir si vous connaissez d'autres fonctions/packages qui permettent d'ajuster le calcul des p-valeurs avec différentes procédures.
Merci

Bonjour à tous,

J'ai découvert ajourd'hui le package multtest, qui permet d'ajuster des p-valeurs pour les tests multiples.
Je voudrais savoir si certains d'entre vous l'ont déjà utilisé car je...

Oui, oui, ça, ça va. J'ai bien redirigé la sortie et c'est dans le nouveau fichier que j'ai vu qu'il me manquait des infos.
Je pense les avoir perdues en triant mon fichier dans Libre Office Calc...

Effectivement, c'est ce qui me fallait :ccool:
Bon, en ouvrant et modifiant mon fichier avec Libre Office Calc et Gedit, j'ai bien l'impression d'avoir perdu tout ce qui n'a pas pu être affiché......

Voici le début du fichier qui m'intéresse :


...

Bonjour,

Je souhaite analyser sous R des données qui sont contenues dans un fichier de 71230 lignes. Je viens de me rendre compte que R ne peut pas ouvrir le fichier en entier.
Chaque ligne est...

Ok ! Heureusement que j'ai utilisé sed, car cette commande m'a déjà pris plus d'une demi-heure, mon fichier faisant 25 Go :aie:



Ok, je vois.

Merci beaucoup

Super, c'est parfait ! :ccool: Mon fichier est utilisable à présent :mrgreen:

J'ai deux petites questions :
1) A quoi sert le fichier de sauvegarde .bak ?
2) Concernant l'option g,
qu'est-ce...

Merci beaucoup pour cette réponse :ccool: Je suis en train de regarder le man de sed.
Quand je disais devoir changer c1.fa en chr1, ci.fa en chri, je voulais dire c1.fa en chr1, c2.fa en chr2, ...