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le problème c'est que tu ne compartimentes pas tes sections, tu passes par tous les ifs pour chaque ligne.
De plus, tu as le code pour les lignes edit à 3 endroits différents, pour un même...

Pour lire le fichier ligne à ligne de la fin au début je suis tombé sur ce module https://metacpan.org/pod/File::ReadBackwards

sinon la méthode la plus simple serait de lire toutes les lignes dans...

As-tu essayé d'initialiser ton primer3 en mode verbose ? cela te donnera peut-être plus d'indications ?
Sinon tu peux lancer la commande à la main pour voir si elle donne une erreur ?

apparemment il faut passer ta commande via stdin de cette manière

echo -e "$spe" | blastall -n blastn -d MyDb

tu peux soit tout blaster en une fois, ensuite tu parses ton fichier blast, soit tu crées un fichier temporaire par séquence (ou tu passes ta séquence directement à blast, en enlevant l'option -i, cf...

pour un formatage fasta plus facile, regarde du côté du module Bio::SeqIO, ça peut aider

Ensuite où et quand gères-tu l'ouverture/fermeture de ton fichier OUT où tu mets tes séquence spécifiques ?...

il manque la partie boucle dans ton script, mais cela ressemble à une variable non remise à 0 pour les nouveaux tests.
Peux-tu mettre un peu plus de détails sur comment tu gères tes variables ?

Tu peux aussi voir ce que propose Biopython, l'équivalent de Bioperl pour faire un parser maison

Les fonctions defined et exists servent à ce genre de tests

Bonjour,

Tout d'abord pour afficher du code utilise la balise CODE (le signe #) pour un meilleur formatage.

Ensuite nous sommes dans un forum perl, le forum python serait plus approprié.
...

while( my $word = <$file> ) {
$freq{$word}++ if $words{$word};
}
ici tu lis et compare ta ligne entière, tu ne découpes pas selon tes mots ? tu peux aussi chercher chaque keyword avec une...

Bonjour,
si tu veux juste une barre de progression, tu peux utiliser les modules pré existants tel ProgressBar

sinon le mécanisme que tu recherches est le flush, les données sont gardées en...

Bonjour,
tout d'abord, en général html et expressions régulières est une recette pour une bonne migraine, il existe des modules comme HTML:: Parser pour se faciliter la vie.

Si tu souhaites juste...

tout d'abord, utilise la balise code (le bouton #) pour afficher ton code, cela sera plus lisible.

Ensuite il te faut effectivement un hash de listes, avec ta première valeur comme clé, pour...

DBI n'est pas le seul module à installer, il faut aussi celui qui concerne ta bdd, à savoir dbd::oracle
est-il bien installé ?

(De retour de vacances :aie:)
Les fichiers BED sont des fichiers utilisés pour afficher tes données (cf UCSC Genome Browser) et ne sont donc pas utiles pour l'analyse.

Le fichier gtf contient les...

ActivePerl aussi, depuis plus de 6 ans. J'ai débuté en perl avec, et l'ai gardé depuis

Avantages: bon gestionnaire de paquets, facilité d'utilisation
Inconvénients: moins efficace quand il s'agit...

ta dernière boucle for est la source de ton problème, pour chaque zip dans ton archive, elle va reprendre à 0 et donc écraser ce que tu as déjà extrait
de plus vu que tu parcours déjà ta liste avec...

memberNames liste les noms de fichiers contenus dans ton archive. Tu peux parcourir chacun et suivant son extension tu appliques le bon traitement.

Sinon, en utilisant membersMatching (link), tu...

Si la position est toujours la même, pourquoi ne pas utiliser substr ?

Bonjour

il est possible d'améliorer l'expression régulière en supprimant les .* qui ne servent à rien
if ( ($record =~ /${patternWarning}/i)
puisque perl cherche déjà le pattern sur toute la...

Bonjour, tout d'abord la balise code crée 2 tags, tout ce qui est entre va être considéré comme du code. Par exemple [ CODE]print "Comme ceci";[/CODE] donne (sans l'espace dans la première balise)
...

Commence par lire les tuto perl, pour les questions plus spécifiques, jette un oeil dans la FAQ

Le plus simple sera probablement de stocker les infos du fichier 2 dans un hash, de le parcourir à chaque ligne de ton fichier 1 pour chercher avec le 'hit'.

ou alors tu peux chercher dans tout...

vérifie tes retours à la ligne ?
il semble qu'avec le 5.16 ton script lit tout le fichier en 1 ligne (les bon vieux \r \n) ?
Avec ce qu'a donné djibril, ce problème devrait disparaître