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Si le binaire expect est installé sur ta bécane (et il y a toutes les chances qu'il le soit si tu es sous Linux), tu peux éventuellement le piloter manuellement depuis un script Perl (ou...

J'ai eu occasionnellement ce problème. Normalement, en répondant une première fois manuellement, le problème ne se pose plus ensuite.

Sinon, il y a éventuellement le module expect.