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Ça pourrait... Si tu te fais une page genre creerDossier.php qui prend en paramètre GET le dossier à créer. Tu peux l'appeler depuis Java.

Une applet s'exécute côté client. Tu ne peux pas créer de fichier sur le serveur directement. Par contre tu peux mettre en place un petit module WEB qui fournira à ton applet les moyens de le faire...