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J'ai réussi sans trop de problème à insérer les fichiers que je voulais dans les Jar et à automatiser toute cette exportation grâce à Eclipse et aux .jardesc, mais l'application ne peut s'exécuter...

Je n'ai pas la méthode exacte, mais tes dll doivent être dans des fichiers jar qui seront téléchargés.

Va voir cette page qui devrait t'aider, section "Adding Native Libraries (DLLs) to Your JWS...

Bonjour à toutes les pointures en Java ! Je demande votre aide pour la mise en place d'un système de mises à jour pour un client Java. Après quelques recherches je suis tombé sur le système Java Web...