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Plusieurs choses.

Déjà, hier, j'ai dit une (demie) bêtise : pas la peine de partir sur une solution basée sur Shapely. L'apport est minime. On n'a, ici, qu'à calculer des distances entre points....

Bonjour

Je ne connais pas bien ArcGIS et encore moins l'interface Python qu'il propose mais, "off-line" (hors ArcGIS), ce que tu désires faire est assez facilement réalisable via le package...