bases de données BLAST

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13/03/2008, 13h57
Jasmine80

bases de données BLAST

Bonjour,

Je rechercher après la base de données nr de blast afin de pouvoir faire tourner le programme en local.
J'ai téléchargé les 3 packages : nr.00, nr.01 et nr.02 de ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/

Quand je lance mon programme, j'ai le message d'erreur suivant :

Citation:

[NULL_Caption] WARNING: Unable to open nr.nin
[NULL_Caption] WARNING: test1: Unable to open nr.nin

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: blastall call crashed: 256 C:/BLAST/bin/blastall.exe -p blastn -i D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\IgVQ3jPbrT
-o P:/Theorie/BACTERIOLOGIE/Clostridium/Phylo_Catherine/Test.out

STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw C:/Perl/site/lib/Bio/Root/Root.pm:328
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneBlast::_runblast C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/StandAloneBlast.pm:732
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneBlast::_generic_local_blast C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/StandAloneBlast.pm:680
STACK: Bio::Tools::Run::StandAloneBlast::blastall C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/StandAloneBlast.pm:536
STACK: P:\Perl\scripts\BLAST\BLAST_~2.PL:46
-----------------------------------------------------------

Pourriez-vous me dire où je peux trouver 'nr.nin'.

Merci,

Jasmine
21/03/2008, 14h57
stoyak
le fichier .nin est généré après formatage de ton fichier. Il est indispensable à l'exécution de BLAST.

La commande est
Code:

1 2 formatdb -i mon_fichier_a_formater -p F -o T
Les fichiers mon_fichier_a_formater.nhr, mon_fichier_a_formater.nin, mon_fichier_a_formater.nnd, mon_fichier_a_formater.nni, mon_fichier_a_formater.nsd, mon_fichier_a_formater.nsi, mon_fichier_a_formater.nsq sont ainsi générés.

Tu peux intégrer le formatage de ton fichier dans un script perl par une commande système

Code:

system "formatdb -i $fic_format -p F -o T";

après t'être placée dans le répertoire /bin de ton application en utilisant chdir.
25/03/2008, 10h17
Jasmine80

Bonjour,

Merci pour ta réponse.
En fait, j'arrive à faire un Blast sur une base de données que je crée en local à partir d'un fichier Fasta.

Citation:

-p F -i chemin/fichiers.fa -n chemin/NomBLASTdb

Mais ici, j'aimerais exécuter un Blast directement sur la base de données nr de GenBank. J'ai donc téléchargé des fichiers sur ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/

par exemple pour nt.00.tar.gz, j'ai obtenu une série de fichiers :

Citation:

fichiers PHR
nr.00, nr.00.psq, nr.00.psi, nr.00.ppi, nr.00.ppd, nr.00.pnd ,nr.00.pin, nr.00.phr

fichier pni
nr.00

Sais-tu ce que je dois faire ensuite?
Est-ce un de ces fichiers que je dois formater? Je pense qu'ils ont directement été mis dans le bon format.

Merci beaucoup,

Jasmine,
24/05/2009, 12h07
sara_qt

application blast

bonjour
comment compiler et exécuter l'application blast sous unix?
merci
24/05/2009, 15h08
MaliciaR
Citation:

Envoyé par sara_qt

bonjour
comment compiler et exécuter l'application blast sous unix?
merci

Salut et bienvenue :)

Il vaudrait mieux créer une discussion séparée lorsque ta question ne concerne pas les thèmes déjà abordés dans le fil.
Sinon, plus concrètement : quelle distribution as-tu? Un
Code:

1 2 3 sudo apt-get install blast2 #ou sudo aptitude install blastall
pourrait faire l'affaire pour l'installation ;)

++
27/05/2009, 12h49
koaku

reconstruction des banques en local

Bonjour Jasmine80

Je suis pas sur d'avoir complètement compris ton problème mais on va essayer quand même ;).

Déjà si tu télécharge un nt.00.tar.gz, lorsque tu le decompresses, tu devrais obtenir des fichiers nt.qqchose et pas nr.qqchose (attention car le formattage des nucléotides et des protéines n'utilise pas les mêmes options).

Pour ta question, il me semble que les fichiers disponibles en ftp qui sont décomposés en 00,01,02 ...ne sont pas exactement les mêmes que ceux qui se télécharge en une seule fois. J'ai déjà eu à faire ça et voilà comment ça c'est passé : tu dois tout d'abord téléchargé l'ensemble des sous divisions (00,01,02,...), tu les decompresses tous et ensuite tu fait un formattage via formatdb. Dans ta ligne de commande du formatdb, tu dois utiliser le nom "générique" dans l'option -i , ici juste nr ou nt (par exemple formatdb -i nt -p F -o T). Le formattage devrait reconstruire tous les sous divisions et tu n'auras qu'à appeler nr (ou nt) dans tes futures requêts blast en local

Bonjou sara_qt

La réponse apporté par MaliciaR me parait la plus simple. Un autre moyen consiste à télécharger l'exécutable sur le site ftp du ncbi et réaliser l'installation toi même grâce aux instructions contenu dan l'install.

voili, voilou, en espérant vous avoir aider
27/05/2009, 13h46
Jasmine80

Citation:

Envoyé par koaku

Déjà si tu télécharge un nt.00.tar.gz, lorsque tu le decompresses, tu devrais obtenir des fichiers nt.qqchose et pas nr.qqchose (attention car le formattage des nucléotides et des protéines n'utilise pas les mêmes options).

Pour ta question, il me semble que les fichiers disponibles en ftp qui sont décomposés en 00,01,02 ...ne sont pas exactement les mêmes que ceux qui se télécharge en une seule fois. J'ai déjà eu à faire ça et voilà comment ça c'est passé : tu dois tout d'abord téléchargé l'ensemble des sous divisions (00,01,02,...), tu les decompresses tous et ensuite tu fait un formattage via formatdb. Dans ta ligne de commande du formatdb, tu dois utiliser le nom "générique" dans l'option -i , ici juste nr ou nt (par exemple formatdb -i nt -p F -o T). Le formattage devrait reconstruire tous les sous divisions et tu n'auras qu'à appeler nr (ou nt) dans tes futures requêts blast en local

Ca fait plus d'un an que j'ai laissé ça de côté ^^ Je fais des Blast sur la DB nr en ligne et seulement en local quand je veux que ça soit sur une DB propre. Cela fonctionne très bien ainsi et ça n'encombre pas le disque dur de données. Néanmoins si un j'ai un jour besoin d'installer la DB nr en local je penserai à ta solution. Merci pour tes explications.