Cela est du au fastboot qui laisse le système dans un état inconsistent.Citation:
The NTFS partition is in an unsafe state
on peut utiliser ntfsfix mais cela revient au même que d'éteindre un windows à l’arrache.
Je ne sais pas comment fonctionne le système proposé par online, mais il semblent te proposer un boot en WinPE, c'est ce qu'il te faut utiliser pour pouvoir réparer ton Windows, sous Linux, ça va être très compliqué. Boot.ini n'est plus utilisé, c'est remplacé par le magasin BCD, je ne connais pas de moyen de le modifier par Linux.