commande "system" dans Perl
Coucou les amis,
J'ai un petit soucis avec mon script.
Mon xml permet de choisir les données en input et mon script perl devrait récupérer ces arguments.
Mais ce n'est pas le cas, l'argument est remplacé par le lien mais la commande "system" ne considère pas ça comme un fichier.
J'ai testé : system ("date"); mais bizarre je n'ai même pas la date qui s'affiche O_o
gth.xml
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<tool id="gth" name="GenomeThreader" version="1.4.9">
<description>computes gene structure predictions </description>
<command interpreter="perl">gth.pl $inputgen $inputcdna $output </command>
<inputs>
<param format ="fasta" name="inputgen" type="data" label="genomic sequence" />
<param format ="fasta" name="inputcdna" type="data" label="cdna sequence"/>
</inputs>
<outputs>
<data format ="tabular" name="output" />
</outputs>
</tool> |
gth.pl
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#!/usr/bin/perl -w
open (IN, "<$ARGV[0]"); #genomic
open (IN2, "<$ARGV[1]"); #cdna
open (OUT, ">$ARGV[2]");
$resultat=system(" /home/***/galaxy_dev/tools/genomethreader/bin/gth -genomic $ARGV[0] -cdna $ARGV[1] ");
#$resultat=system("date");
print OUT "$resultat";
close( IN );
close (IN2);
close( OUT ); |
merci de votre aide ^ ^
