Discussion :

[poumy]

Bonjour,

Je ne sais pas si je suis sur le bon forum et, dans le cas contraire, je m'en excuse.

Voilà, j'ai un jeu de séquences préalignées et je cherche à connaitre leur score d'identité 2 à 2.

Lorsque j'utilise Bioedit (avec la fonction matrice d'identité), les résultats que j'obtiens sont des scores d'identités globaux et non locaux. Je m'explique; si l'on prend 2 séquences, une de 1000 bases et une plus petite de 800 bases, identiques sur 800 bases, le score d'identité que l'on obtient est de 80% et non de 100%. Y a-t-il une possibilité par BioEdit ou autre d'obtenir le score sur la zone d'alignement uniquement ? Merci par avance.

Bien cordialement,

poumy.

[djibril]

Pour faire ce que tu veux, ça correspond à faire un blast2seq. Tu peux faire un test sur le site du NCBI blast. Maintenant, je ne pense pas que bioedit le permette, néanmoins, tu devrais pouvoir le faire en perl via le module Bio::Tools::Run::StandAloneBlast

[poumy]

Merci de votre réponse ! Je vais essayer tout ça.

Cordialement,

poumy.