Discussion :

[blackmisery]

Bonjour à tous,
dans le cadre d'une thèse dont le sujet est "extraction de connaissances à partir d'images médicales pour la conception d'un système d'aide à la décision" je suis amené à définir, dans le domaine de l'ORL, si un nez comporte ou non une fracture. Etant nouveau sur la planète Matlab, j'ai posé des questions par ci et par là afin d'avoir une méthodologie à suivre. Les réponses que j'ai pu obtenir sont visibles à la page suivante : http://www.louizi.com/thesis/
Mais je crains que ce ne soit un peu compliqué/mal défini pour moi. Je dois en fait isoler une partie de l'image (l'os propre du nez) à partir d'images TDM (Dicom) pour ensuite voir s'il y a des déformations particulières sur cette partie.

Toute aide sera la bienvenue. D'avance merci!

[Jerome Briot]

Et quel est la question exactement ?
Sur quel point bloques-tu ?

Je ne pense pas que tu en sois la programmation MATLAB pour le moment...

[blackmisery]

Tu as raison, ma question pourrait se résumer à : comment extraire l'os propre du nez à partir de l'image entière. Cela constituerait la première étape.
Pour info, après je compte visualiser si cet os pourrait avoir des fractures ou pas. Et j'utiliserai alors les classifieurs SVM pour mettre les images en catégories A et B (avec fractures, sans fractures).
Pour ce qui est de l'avancement en thèse, il faut que je puisse isoler automatiquement cet os pour pouvoir appliquer plusieurs notions théoriques. Bref, cela constituerait un bon début

[Jerome Briot]

Tes images sont issues d'un scanner (protocol CT de la norme DICOM).

Tu peux donc assez aisément extraire par seuillage les parties osseuses en te basant sur l'échelle de Hounsfield (http://en.wikipedia.org/wiki/Hounsfield_scale) avec une valeur de quelques centaines de HU)

[blackmisery]

Merci pour cet élément de réponse. Je regarde l'échelle de Hounsfield et je reviendrai poster ce que j'ai pu trouver/faire.

Me revoilà,
j'ai utilisé la fonction imagesc de Matlab qui à priori permet d'utiliser les coefficients de Hounsfield. J'ai fait quelques essais qui sont visibles sur le bas de la page http://www.louizi.com/thesis/
Est-ce de cela dont il s'agissait?

[Jerome Briot]

Tu dois lire l'image en utilisant la fonction DICOMREAD.
Tu obtiens une matrice X dont les valeurs vont de 0 à Vmax

Il faut ensuite utiliser la fonction DICOMINFO pour récupérer la valeur des deux champs RescaleSlope (0028;1053) et RescaleIntercept (0028;1052). Ces valeurs sont généralement 1 et -1024 pour les images CT (de mémoire à vérifier )

Pour obtenir X en HU, tu fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Xhu = X * RescaleSlope + RescaleIntercept

soit généralement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Xhu = X - 1024

Ensuite tu seuilles à la valeur souhaitée, par exemple 200HU :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

BW = Xhu>=200;

Pour n'afficher que les parties de l'image contenant (principalement) des structures osseuses

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
figure
imagesc(BW.*Hhu,[min(Xhu) max(Xhu)])

Enfin je dis tout ça de tête mais c'est l'idée générale

[blackmisery]

Merci beaucoup pour l'aide apportée. J'essaierai les différentes étapes et je reviendrai vers vous au plus tôt pour vous fournir les résultats obtenus. Encore merci pour l'intérêt!

[blackmisery]

De retour!
Effectivement les valeurs que tu m'as données sont -1024 et 1. Par contre, lors de la compilation j'ai l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

??? Undefined function or variable 'Hhu'.

Probablement une faute de frappe quelque part, et j'ai essayé plein de combinaisons avant de revenir poster

[Jean Dumoncel]

Salut,

une petite faute de frappe dans le code que t'as donné Dut :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(BW.*Xhu,[min(Xhu) max(Xhu)])

[blackmisery]

Salut Magelan,
j'ai aussi essayé de changer Hhu par Xhu et voilà les erreurs que j'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
??? Error using ==> times
Integers can only be combined with integers of the same class, or scalar doubles.
 
Error in ==> test at 10
imagesc(BW.*Xhu,[min(Xhu) max(Xhu)])

Des idées?

[Jerome Briot]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
c = class(Xhu);
BWc = cast(BW,c);
 
imagesc(BWc.*Xhu,[min(Xhu) max(Xhu)])

[blackmisery]

La nouvelle erreur affichée maintenant est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
??? Error using ==> image
Incorrect number of arguments specified
 
Error in ==> imagesc at 40
    hh = image(varargin{:},'CDataMapping','scaled');
 
Error in ==> mehdi at 14
imagesc(BWc.*Xhu,[min(Xhu) max(Xhu)])

Un problème avec la taille de l'image à priori?
Sinon, j'ai exploré entre temps une autre piste, celle de la détection des sommets (ou corner detection en anglais) que j'ai posté sur http://www.louizi.com/thesis/
Un algorithme qui permettrait d'avoir les différents points, et après probablement dessiner des lignes et arriver à extraire cet os propre..Mais j'en suis pas encore là et j'aimerai surtout terminer de visualiser uniquement les os et voir si ce serait plus clair après.
J'ai fait uploader une image DICOM, au cas où cela serait utile. http://www.louizi.com/thesis/IM5

[Jean Dumoncel]

Je ne suis pas un expert dans le format dicom, mais lorsque je fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dicomread('IM5);

J'obtiens un vecteur X qui est vide. Et j'ai l'impression que c'est pareil chez toi quant je vois l'erreur que tu obtiens : si X est vide, alors max(X) renvoie un élément vide et le deuxième argument de imagesc provoque une erreur.

[Jerome Briot]

Il est vrai que le fichier a l'air particulier... comme ça arrive souvent avec la norme DICOM...

Sinon, tu ne devrais pas diffuser ce genre de fichier tel quel

Il faut IMPERATIVEMENT l'anonymiser car il y a des données dans l'entête des fichiers DICOM qui permettent d'identifier le patient (et le secret médical... ça sert à quelque chose)

Je crois me souvenir qu'il y a des logiciels gratuits sur le net permettant de rentre anonyme les fichier DICOM (suppression du nom du patient, de sa date de naissance, du numéro de dossier, du jour et de l'heure d'examen...)

[blackmisery]

Mea culpa! j'ai complètement oublié cela...J'ai commencé par enlever l'image déjà le temps que je trouve un logiciel qui l'"anonymisera". Par contre, auriez-vous un soupçon d'idée s'il vous plaît? ça me génère toujours le même type d'erreur avec toutes les images obtenues...galère galère...

[Jerome Briot]

As-tu réussi à ouvrir tes images avec d'autres logiciels (en gratuit : ImageJ, Dicomworks, Osirix sur Mac, ... => http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/dicom.html#links) ?

[blackmisery]

Il est très fort ImageJ! Ma question est, supposons qu'après bidouillage, je sois arrivé à isoler l'Os propre du nez (je sens que ça va m'amuser pendant encore quelques temps tellement y a des fonctionnalités). Comment faire cela automatiquement ? j'essaie de trouver les équivalents des opérations que j'ai effectuées sous Matlab?

[blackmisery]

Pour enlever toute ambigüité, j'ai mis une image Dicom au format jpg (http://www.louizi.com/thesis/image/jpg).
Pourriez-vous s'il vous plaît m'indiquer les opérations à suivre via ImageJ (entre autres) pour pouvoir extraire l'os propre du nez? J'ai pas mal galéré et à chaque fois que je suis une piste elle s'avère infructueuse. Je voudrais avoir au moins les étapes, ou des idées pour ces étapes, je m'occuperai ensuite de rendre tout ça automatique.
D'avance merci, je suis à la recherche d'un peu de lumière...!

[blackmisery]

Il y a un sujet sur ce même forum qui traite à peu près du même problème que j'ai :
http://www.developpez.net/forums/d33...ges-medicales/
sauf que si jamais j'applique les mêmes opérations eh ben ça ne me donne rien

[Jerome Briot]

Si tu continues sur ImageJ, je t'informe que nous avons un forum dédié : http://www.developpez.net/forums/f12...phisme/imagej/