Discussion :

[GLDavid]

Hello

Auparavant, je scannais une banque de données avec un script Perl pour en retirer une information. Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
my $s = "Semaphorin 3F";
open FILE, "< /homegldavid/Snippets/Bases/GeneOntology/gene_association.goa_human" or die "$!\n";
while(<FILE>){
	if(/\t$s/){
		my $current = $_;
		if($current =~ /(GO:[0-9]+)/){
			print "$1\n";
		}
	}
}
close FILE;

Simple, non ?
Maintenant, je veux faire l'équivalent en Java :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import java.io.*;
import java.util.regex.*;
 
public class SearchOntology {
 
	public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException, IOException {
 
		String prot = new String("Semaphorin 3F");
		File f = new File("/home/dbourgais/Snippets/Bases/GeneOntology/gene_association.goa_human");
		BufferedReader bf = new BufferedReader(new FileReader(f));
		String current;
		while((current=bf.readLine())!=null){
			if(current.contains(prot)){
				System.out.println(""+current);
				String s = current;
				Pattern p = Pattern.compile("(GO:[0-9]+)");
				Matcher m = p.matcher(s);
				if(m.matches()){
					System.out.println(""+m.group());
				}
			}
		}
 
	}
 
}

Mais apparemment, il ne me retourne pas le résultat de ma recherche.
Me suis-je trompé avec les appels vers Matcher ?

Merci d'avance de vos infos.

@++

[GLDavid]

Ok, j'ai résolu le problème. Il fallait plutôt utiliser la méthode Maatcher.find :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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p = Pattern.compile("GO:\\d+");
m = p.matcher(current);
if(m.find()){
	System.out.println(m.group());
}

@++

[adiGuba]

Salut,


La méthode matches() ne renvoit true QUE si la chaine entière correspond au pattern (ce qui ne semble pas être ton cas) :

Attempts to match the entire input sequence against the pattern.

Si tu veux rechercher un sous chaine selon son pattern il faut utiliser find() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            Matcher m = p.matcher(s);
            if (m.find()){
               System.out.println(""+m.group());
            }

Et eventuellement remplacé le if par un while si il y a plusieurs sous-chaine à rechercher

a++

[edit] Bon ben tu as trouvé tout seul

[GLDavid]

Bon ben tu as trouvé tout seul

Tu vois, je m'améliore !

@++