Discussion :

[dz_robotix]

Salut,
Etant un nouveau utilisateur sous R,
je voudrais réaliser un clustering hierarchique dà partir d'une matrice de distance entre objets;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
 
*
            ObjA    ObjB............
ObjA     1             0.5
ObjB     0.5                   1
.
.
.

j'ai vu dans le help de R qu'il y a un package Hclust mais vraiment par où commencer.

merci de votre aide.

[manoir]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 hc <- hclust(dist(t(matrice))))  # il faut lire l'aide pour bien comprendre la fonctionnalité  de hclust 
 plot(hc)

Manoir

[dz_robotix]

salut,

merci pour la réponse,

j'ai eu cette erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
 
Erreur dans if (n<2) stop("must have n >=2 objects to cluster")
l'argument est de longueur nulle

je ne sais pas ce que veux dire ce message

merci pour votre aide.

[manoir]

bonsoir,

peux tu nous décrire ta matrice ?

qd tu fais:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
d<-dist(ta matrice)
n <- as.integer(attr(d, "Size"))

ca te donne quoi ?

Manoir

[dz_robotix]

bonsoir manoir,
merci pour la réponse ;-)

je me corrige : en fait il s'agit d'une matrice de similarité entre objets pas de distance, les valeurs sont donc dans [0; 1], ainsi je ne sais pas si pour Hclust on doit faire dist().
voici une vue générale de ma matrice de similarité d'objets.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
 
	g1	g2	g3	g4	g5	g6	g7
g2	0.363550
g3	0.108952	0.887325
g4	0.183513	0.168189	0.185110
g5	0.193806	0.385945	0.190279	0.979429
g6	0.280036	0.937114	0.666441	0.346085	0.968765
g7	0.074714	0.539372	0.339522	0.787598	0.012323	0.12334

les commandes que j'ai tapées

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
 
y<-read.delim("C:/s.txt", header = TRUE, sep = "\t")
hc<-hclust(y,"ward")
 
 
 
erreur:  Erreur dans if (n < 2) stop("must have n >= 2 objects to cluster") : 
        l'argument est de longueur nulle
 
PS: 
z<-dist(y)
donne: Warning message:
NAs introduits lors de la conversion automatique 
 
 
n<-as.integer(attr(z,"Size"))
donne: [1] 6

merci beaucoup.

[manoir]

Re,

Donc, si j'ai bien compris ta matrice y dont tu fais référence dans le code est bien:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
g1	g2	g3	g4	g5	g6	g7
g2	0.363550
g3	0.108952	0.887325
g4	0.183513	0.168189	0.185110
g5	0.193806	0.385945	0.190279	0.979429
g6	0.280036	0.937114	0.666441	0.346085	0.968765
g7	0.074714	0.539372	0.339522	0.787598	0.012323

?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

    n <- as.integer(attr(y, "Size")) # Message d'erreur?

Manoir
a demain

[dz_robotix]

salut manoir,
oui c'est ma matrice de similarité

j'ai eu ce code d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
y<-read.delim("C:/s.txt", header = TRUE, sep = "\t")
hc<-hclust(y,"ward")



erreur:  Erreur dans if (n < 2) stop("must have n >= 2 objects to cluster") : 
        l'argument est de longueur nulle

et

n<-as.integer(attr(y,"Size"))
donne: numeric(0)


merci d'avance manoir

[manoir]

Bonjour,

ça tourne bien le code sur mon Pc, ca devrait être un problème d'importation de ton fichier!

Manoir