Discussion :

[alioujigga]

Bonjour,
Désolé de déranger, mais là je suis grave bloqué et de l'aide ne serais pas à refuser...
En fait j'ai mon fichier suivant:

http://files.filefront.com/13722617

contenant des génomes d'une famille de bactéries. Et j'aimerais en extraire des informations pour charger une base de données. Je dois créer:
-Une table Génome contenant pour chaque génome, le numéro d'accession, le Gi, Le Nom de l'organisme, sa position systématique et la taille du génome.
-Une table Gène contenant l'Id du gène, le nom, le num d'accession et le génome dans lequel il est présent, le locus, le rôle, la séquenece et la taille.
Et comme je suis en première année de bioinformatique, donc je galère grave
Merci d'avance pour votre aide RAPIDE!!!

P.S: je travail avec MySQL dans le terminal sous Linux Ubuntu.

[Jasmine80]

Pour ce qui est de la base de données, tu peux utiliser le module DBI.
Pour ce qui est du fichier, il existe des modules, mais peut-être l'exercice est-il justement de ne pas en utiliser mais d'apprendre à extraire les données via des expressions régulières. Quel est le but de cet exercice?

[alioujigga]

le but c'est de créer des familles de gènes. j'ai déjà fini l'étape du clustering, il me reste juste maintenant à créer et charger ma BD

[Jasmine80]

il me reste juste maintenant à créer et charger ma BD

Regarde le module DBI sur le lien du CPAN que je t'ai donné plus haut ainsi que l'article écrit par Djibril : DBI.

[alioujigga]

je vais y jeter un coup d'oeil. merci