Discussion :

[Jasmine80]

Quelqu'un a-t-il déjà fait des arbres de séquences via un module Perl? C'est pour l'analyse de séquences ADN. Il y a plusieurs modules sur le CPAN ... en avez-vous un particulier à me recommander? Je sais que Phylip est très répandu. Je dois utiliser l'algorithm UPGMA mais je suppose que tous les logiciels faisant de la phylogénie laisse le choix entre le NJ, l'UPGMA voire d'autres. Merci.

[MaliciaR]

Salut,

Phylip est 'achement bien Tu as PhyML pour tout ce qui est reconstruction par la méthode du maximum likelyhood (maximum de vraisemblance) ou encore MrBayes (pour tout ce qui est inférences bayesiennes). J'ai un peu utilisé NJPlot par le passé aussi, spas mal

Sinon, pour les modules... Il y en a plein, je crois

J'espère que ça t'aide. Sinon, j'ai une question de simple curiosité : pourquoi devoir utiliser UPGMA...?

[Jasmine80]

Merci pour ta réponse.

J'utilisais le softwrare BioNumerics, spécialement conçu afin de créer des arbres. Le problème est apparemment il n'arrive pas a correctement aligner mes séquences dont les tailles peuvent varier. Par contre, ClustalW réussit parfaitement cet alignement. J'ai donc un peu plus creusé de ce côté et découvert que je peux obtenir un arbre à partir de mon alignement ClustalW.

j'ai une question de simple curiosité : pourquoi devoir utiliser UPGMA...?

Parce que, je ne veux pas faire de la phylogénie mais simple avoir un arbre représentant les différents groupes de mes séquences, sans aucun facteur de correction.