Discussion :

[selson]

bonjour,
J'ai installé blast en local sur ma machine je fais j'ai aussi récupé les banques proposeés sur le ftp du NCBI...seulement un fois le blast fais j'aimerais récupérer les séquences des meilleurs hit de mon blast.
Alors j'ai taper la commande:

fastacmd -d nr -s 223958555 .
le chiffre etant le gi de ma séquence seulement ca marche pas j'ai l'impression que je suis dans un boucle infini....
Merci d'avance

[MaliciaR]

Salut,

Pourrais-tu détailler un peu ce que tu as fait? As-tu utilisé d'autres commandes? Quel est ton système d'exploitation...? Bref, plus tu donnes des infos, mieux on pourra te répondre

[selson]

bonjour,
le système d'exploitation c'est windows(vista)...
la seule commande que j'ai utilisé avant est celle pour la création de la banque avec formatdb:
formatdb -i cog.txt -p F -o T
cog.txt étant ma banque de séquence
j'ai aussi testé en récupérant sur le site du ncbi la database "nr" sans plus de succès

Merci d'avance..

[MaliciaR]

Salut,

Je n'utilise pas ces outils sous Windows, mais uniquement sous Linux. Néanmoins, je crois que tu as loupé quelques étapes, selon cette page. Refais-le de novo, j'espère que ça marchera
Sinon, cette page est très complète et peut t'être utile.

Hope that helps N'hésite pas de reposer des questions.