Discussion :

[kady.bio]

Bonjour à tous,

J'ai un TP d’initiation à la bioinformatique. D’abord, il faut analyser un fragment de génome anonyme et essayer d’en tirer le maximum d’informations possibles (espèce, nature du gène, les sites de restriction…etc.), comparer cette séquence avec d’autres séquences de références connues (alignement multiple), par la suite essayer de comparer les protéines associées et d’établir l’arbre phylogénétique la plus proche du point de vue évolutive pour ces protéines.

Séquence anonyme 1 :
CGGTTTTTTTCAGTCTCATGACACTTCGTGATCATTGAGGGTCTGATGAG
CACTGTTCATGCCATCACAGCCACTCAGAAGACCGTGGACGGCCCATCTG
GCAAGCTGTGGAGAGATGGCCGTGGTGCCAGCCAGAACATCATCCCTGCC
TCTACTGGCGCTGCCAAGGCTGTGGGCAAGGTCATCCCTGAGCTTAATGG
TAAGCTGACTGGCATGGCCTTCCGTGTCCCCACCCCCAACGTATCCGTTG
TTGACCTGACTGTCCGTCTGGAGAAACCAGCCAAGTATGAAGACATCAAG
AAAGTGGTCAAGGCCGCAGCAGATGGCCCAATGAAGGGATTCCTGGGATA
CACAGATCATCAGGTGGTGTCCACAGATTTCAACGGCGATTGCCGCTCCT
CCATCTTTGATGCTGGCGCTGGCATTGCCCTGAATGATCACTTCGTCAAG
CTGGTCACATGGTACGACAACGAATGCGGGAAA

Les principales banques de données moléculaires sont :
www.ncbi.nlm.nih.gov.genbank
www.ncbi.nlm.nih.gov.genome
www.ncbi.nlm.nih.gov.dbEST
www.ebi.ac.uk
www.genome.ucsc.edu/
www.expasy.org/sprot/
www.rcsb.org/pdb/home/home.do


Sauf que je ne sais pas comment les utiliser. Avez-vous quelque chose pour me faire avancer ??

Merci

[Jasmine80]

Tu peux commencer par faire un blast de ta séquence afin de l'identifier.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast...._LOC=blasthome