Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour, j'ai un primer de 20 nucléotides, j'aimerais vérifier qu'il ne risque pas par hasard de s'apparier à un autre organisme que le virus de la rubéole. J'aimerais récupérer de mon blast les 500 premiers résultats or bien qu'en ligne j'en trouve plus de 100, ce que j'obtiens dans mon fichier via mon programme se limite aux 100 premières séquences trouvées dans la DB.

Module : Bio::Tools::Run::RemoteBlast

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# paramètres de blast
my @params = 	( 	
				 '-prog' => 'blastn',
				 '-data' => 'nr',
				 '-expect' => 1000,
				 '-readmethod' => 'SearchIO',
				 '-W' => 7,		
				 '-F' => 'm',
		);

paramètres de blast

-I Number of database sequences to save hits for,
-b Number of database sequences to show alignments for,
-v Number of database sequences to show one-line descriptions for,

Ces 3 paramètres sont à 500 par défaut, je ne comprends pas ce qui limite mon résultat à 100.


Mrci pour votre aide.

[MaliciaR]

Salut,

Avant toute chose, tu as essaye avec Primer-BLAST? C'est le soft special oligos, BLAST n'etant pas du tout approprie pour ce que tu veux faire

[Jasmine80]

Salut,

Avant toute chose, tu as essaye avec Primer-BLAST? C'est le soft special oligos, BLAST n'etant pas du tout approprie pour ce que tu veux faire

Merci pour ta réponse mais elle ne m'aide pas.

Oui, Primer-BLAST est la première chose que j'ai essayé. Mais j'aimerais pouvoir faire cette vérification via un programme, car j'ai plus de 20 amorces à tester. De plus, Primer-Blast recherche les produits PCR aspécifiques qui pourraient être crées alors que je recherche les organismes s'appariant à mes amorces prises individuellement.

Blastn, avec W à 7 et l'expected value à 1000 est ce qui est recommandé pour le Blast nommé
Search for short, nearly exact matches

You can adjust both the word size and the expect value on the standard BLAST pages to work with short sequences. NCBI provides a BLAST page with these values preset to give optimal results with short sequences. This page ("Search for short nearly exact matches") is linked under the nucleotide BLAST section of the main BLAST page.
A common use of this page is to check the specificity of PCR or hybridization primers.
...

Le Blast avec ses paramètres par défaut n'est donc pas approprié à ce que je veux faire mais il suffit de les ajuster et cela convient pour résoudre mon problème.

[stimy]

Merci pour ta réponse mais elle ne m'aide pas.
[...]

Le Blast avec ses paramètres par défaut n'est donc pas approprié à ce que je veux faire mais il suffit de les ajuster et cela convient pour résoudre mon problème.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::RETRIEVALHEADER{'DESCRIPTIONS'} = 1000;

(non testé car je n'ai pas BioPerl sur ma machine)

[Jasmine80]

Merci pour ton aide,


J'avais réussi avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::RETRIEVALHEADER{'HITLIST_SIZE'} = 1000;

Je vais clore ce sujet,