Aide pour l'utilisation de Glam2 et Glam2mask

**Petitchaoui** · 01/02/2009, 18h24

Bonjour,

Je suis débutante en programmation or je dois réaliser un projet qui doit permettre d'identifier des motifs dans des séquences d'adn.
Pour cela, je dois utiliser un logiciel d'alignement prenant en compte les gap (GLAM2) que j'ai installer en local sur linux cependant j'identifie toujours le même motif alors qu'il y en a plusieurs sur la même sequence.
D'aprés ce que j'ai lu sur le site (http://meme.sdsc.edu/meme4/intro.html) on peut cacher les motifs decouverts et relancer l'alignement grace à glam2mask.
J'arrive à cacher le motif et à le sauvegarder dans un fichier cependant quand je relance l'alignement je retrouve toujours le même motif.

J'aurais voulu savoir si quelqu'un avait déja utiliser ce logiciel et avait réussi à alterner glam2 et glam2mask car je n'arrive pas à trouver d'aide sur internet.

Merci d'avance
Voici mon code perl qui permet d'automatiser les commandes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
 
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# 2.Recherche de motif 1 avec glam2
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#déclaration et initialisation des variables
my $file_in = " /home/petitchaoui/Bureau/Essai/box_r6.fasta";
 #ensemble des seq au format fasta 
my $file_out = " /home/petitchaoui/Bureau/Essai/box_r6_1.glam2";
  #alignement des seq 
 
#ouverture des fichiers
open (FILE_IN,"$file_in") or die $!;
 
chdir "/home/petitchaoui/Bureau/glam2-1064/src";
my $command1 = "./glam2 -2 -o $file_out n $file_in";
system ($command1);
 
close(FILE_IN);
 
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#3.Cache le premier motif avec glam2mask
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#déclaration et initialisation des variables
my $file_motif1 = "/home/petitchaoui/Bureau/Essai/motif_1.fasta";
# motif masqué 
my $file_align1 = "/home/petitchaoui/Bureau/Essai/box_r6_1.glam2";
# ensemble des séquences alignées
my $file_seq = "/home/petitchaoui/Bureau/Essai/box_r6.fasta";
# ensemble des séquences au format fasta
 
#ouverture des fichiers
open (FILE_SEQ, "$file_seq") or die $!;
open (FILE_ALIGN, "$file_align1") or die $!;
 
#masque le motif et le sauvegarde dans un fichier
chdir "/home/petitchaoui/Bureau/glam2-1064/src";
my $command2 = "./glam2mask -x n -o $file_motif1 $file_align1 $file_seq";
system ($command2);
 
close (FILE_ALIGN);
 
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#4. Relance de Glam2 pour découvrir un deuxième motif
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#déclaration et initialisation des variables
my $file_align2 = " /home/petitchaoui/Bureau/Essai/box_r6_2.glam2";
  #alignement des seq 
 
chdir "/home/petitchaoui/Bureau/glam2-1064/src";
my $command4 = "./glam2 -2 -o $file_align2 n $file_seq";
system ($command4);
 
close (FILE_SEQ);