Discussion :

[Jasmine80]

File :
C: Document~Temp\ppm-H1Y7Q0\bioperl-1.5.2_...\CodonTable.html
Threat :
HTML/Bankfraud.E trojan
Comment :
Event occurred on a new file created by the application: C:\Perl\bin\perl.exe. The file was moved to quarantine. You may close this window.

... il y a vraiment des virus partout, vive Windows! Et merci mon anti-virus.
Comment fonctionne Perl? Quels contrôles y a-t'il quand on soumet un module?

[Jedai]

Et bien je dois dire que c'est un peu surprenant, es-tu sûr que ce n'est pas une fausse alerte ?

Globalement ce que dit le message c'est que PPM a essayé d'installer Bioperl à partir d'un repository (à toi de voir lequel) et que l'un des fichiers téléchargé légitimement lors de cette tâche contient du html infecté par un trojan (du javascript on suppose), ma première suggestion serait de voir s'il n'y a pas erreur, regarde le source du html, cela ne présente aucun danger et certains antivirus sont un peu trop sensible.
Ensuite si effectivement il y a un trojan, c'est que le repository a été infecté et il serait avisé d'en informer le propriétaire. Une autre possibilité serait que la source Bioperl elle-même ait été infectée mais cela parait peu probable.

Comment fonctionne Perl? Quels contrôles y a-t'il quand on soumet un module?

A peu près aucun, sauf ceux appliqués par la communauté, n'oublions pas que tous les codes sources sont disponibles. Les modules sont également signés cryptographiquement par leur auteur, et les auteurs ont leur réputation.

D'un autre côté il faut bien voir que cela n'est pas différent de tous les autres langages de programmation (en fait c'est même un peu plus sécurisé puisque les modules sont centralisés sur le CPAN, les sources sont disponibles et un virus découvert entrainerait des conséquences immédiates pour les modules de l'auteur présumé), ou même de n'importe quel logiciel que tu dois installer. Perlscript a le même genre de restriction que Javascript (exécuté dans une sandbox) mais personne n'utilise Perlscript.

Par ailleurs Perl le langage a pas mal d'outils pour la sécurité, le mode taint en lui-même élimine un tas d'erreurs de débutants pour les CGI, erreurs souvent faites dans des langages comme PHP. DBI et ses drivers permet également aisément une utilisation sûre des SGBD contrairement à PHP qui pendant longtemps ne permettait que la concaténation pour former des requête SQL dans sa bibliothèque standard.
Enfin il existe des modules qui permettent d'exécuter du code, des modules dans une sandbox, comme Safe ou le pragma ops.

--
Jedaï

[thierry.chich]

[Jedai]

Voilà un message qui laisse à désirer... Que voulais-tu exprimer ?

--
Jedaï

[Jasmine80]

Jedai, merci pour cette réponse bien détaillée.

Et bien je dois dire que c'est un peu surprenant, es-tu sûr que ce n'est pas une fausse alerte ?

Oui, c'est peut-être une fausse alerte. La seule explication que j'ai trouvée de ce virus, si du moins elle est correcte, est étrange

Html.Bankfraud.E is not an infected file. But it is a malicious email, which asks you to enter your bank account data into a webpage which imitates the look of the origional page. (Phishing)

Je ne sais pas mais il y a bien un cheval de Troie en quarantaine. Pourquoi y a-t'il TEMP dans le nom du chemin vers le fichier en quarantaine?

ma première suggestion serait de voir s'il n'y a pas erreur, regarde le source du html,

Le fichier est dans C:\Perl\site\lib\Bio\Tools\CodonTable.html comment voir la source du html?

Ensuite si effectivement il y a un trojan, c'est que le repository a été infecté et il serait avisé d'en informer le propriétaire. Une autre possibilité serait que la source Bioperl elle-même ait été infectée mais cela parait peu probable.

Cela vient de

bioperl
Bioinformatics Toolkit
Version: 1.5.2_100
Released: 2006-12-6
Author: Bioperl Team <bioperl-l@bioperl.org>
CPAN: http://search.cpan.org/dist/bioperl-1.5.2_100/

Pour les repositories, en plus d'activestate, j'ai ajouté :

trouchelle
http://trouchelle.com/ppm/

theoryx
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/

bribes
http://www.bribes.org/perl/ppm

bioperl1
http://bioperl.org/DIST/package.xml

bioperl2
http://bioperl.org/DIST/RC/

... je suppose que si il y a vraiment un problème, il provient d'un des 2 derniers.

Ce que je sais est que j'ai installé exactement ce module au boulot il y a 6 mois et que je n'ai pas eu ce problème. Je devrais vérifier si ce fichier CodonTable.html était déjà dans bioperl-1.5.2_100 à ce moment là.




Et merci à thierry.chich de compatir à mon malheur

[Jedai]

Je ne sais pas mais il y a bien un cheval de Troie en quarantaine. Pourquoi y a-t'il TEMP dans le nom du chemin vers le fichier en quarantaine?

Parce que ppm commence par télécharger et décompresser le module dans le dossier Temp(oraire) avant de l'installer.

Le fichier est dans C:\Perl\site\lib\Bio\Tools\CodonTable.html comment voir la source du html?

Tu ouvres le fichier avec un éditeur de texte (type SciTE).


Néanmoins ça ressemble vraiment à une fausse alerte, ou en tout cas, complètement inoffensif...

--
Jedaï

[thierry.chich]

Voilà un message qui laisse à désirer... Que voulais-tu exprimer ?

--
Jedaï

En fait je voulais faire un commentaire extrèmement pertinent. il se trouve en relisant ce que tu avais écrit, que mon commentaire était une redite moins détaillée. J'ai donc voulu supprimer mon message. Mais je ne pouvais pas.
J'ai donc laissé l'émoticon exprimant tout à la fois ma compassion pour Jasmine et mon désarroi de ne pas pouvoir supprimer ce message.

Et je pense qu'il s'agit en effet d'une fausse alerte.

[Jasmine80]

Tu ouvres le fichier avec un éditeur de texte (type SciTE).

Ca paraît normal comme fichier

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# $Id: CodonTable.pm,v 1.37.2.1 2006/10/02 23:10:31 sendu Exp $
#
# bioperl module for Bio::Tools::CodonTable
#
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki-at-bioperl-dot-org>
#
# Copyright Heikki Lehvaslaiho
#
# You may distribute this module under the same terms as perl itself
 
# POD documentation - main docs before the code
 
=head1 NAME
 
Bio::Tools::CodonTable - Bioperl codon table object
 
=head1 SYNOPSIS
 
  # This is a read-only class for all known codon tables.  The IDs are
  # the ones used by nucleotide sequence databases.  All common IUPAC
  # ambiguity codes for DNA, RNA and animo acids are recognized.
 
  # to use
  use Bio::Tools::CodonTable;
 
  # defaults to ID 1 "Standard"
  $myCodonTable   = Bio::Tools::CodonTable->new();
  $myCodonTable2  = Bio::Tools::CodonTable->new( -id => 3 );
 
  # change codon table
  $myCodonTable->id(5);
 
  # examine codon table
  print  join (' ', "The name of the codon table no.", $myCodonTable->id(4),
	       "is:", $myCodonTable->name(), "\n");
 
  # print possible codon tables
  $tables = Bio::Tools::CodonTable->tables;
  while ( ($id,$name) = each %{$tables} ) {
    print "$id = $name\n";
  }
 
  # translate a codon
  $aa = $myCodonTable->translate('ACU');
  $aa = $myCodonTable->translate('act');
  $aa = $myCodonTable->translate('ytr');
 
  # reverse translate an amino acid
  @codons = $myCodonTable->revtranslate('A');
  @codons = $myCodonTable->revtranslate('Ser');
  @codons = $myCodonTable->revtranslate('Glx');
  @codons = $myCodonTable->revtranslate('cYS', 'rna');
 
  # reverse translate an entire amino acid sequence into a IUPAC
  # nucleotide string
 
  my $seqobj    = Bio::PrimarySeq->new(-seq => 'FHGERHEL');
  my $iupac_str = $myCodonTable->reverse_translate_all($seqobj);
 
  #boolean tests
  print "Is a start\n"       if $myCodonTable->is_start_codon('ATG');
  print "Is a termianator\n" if $myCodonTable->is_ter_codon('tar');
  print "Is a unknown\n"     if $myCodonTable->is_unknown_codon('JTG');
 
=head1 DESCRIPTION
 
Codon tables are also called translation tables or genetic codes
since that is what they represent. A bit more complete picture
of the full complexity of codon usage in various taxonomic groups
is presented at the NCBI Genetic Codes Home page.
 
CodonTable is a BioPerl class that knows all current translation
tables that are used by primary nucleotide sequence databases
(GenBank, EMBL and DDBJ). It provides methods to output information
about tables and relationships between codons and amino acids.
 
This class and its methods recognized all common IUPAC ambiguity codes
for DNA, RNA and animo acids. The translation method follows the
conventions in EMBL and TREMBL databases.
 
It is a nuisance to separate RNA and cDNA representations of nucleic
acid transcripts. The CodonTable object accepts codons of both type as
input and allows the user to set the mode for output when reverse
translating. Its default for output is DNA.
 
Note: 
 
This class deals primarily with individual codons and amino
acids. However in the interest of speed you can L<translate>
longer sequence, too. The full complexity of protein translation
is tackled by L<Bio::PrimarySeqI::translate>.
 
 
The amino acid codes are IUPAC recommendations for common amino acids:
 
          A           Ala            Alanine
          R           Arg            Arginine
          N           Asn            Asparagine
          D           Asp            Aspartic acid
          C           Cys            Cysteine
          Q           Gln            Glutamine
          E           Glu            Glutamic acid
          G           Gly            Glycine
          H           His            Histidine
          I           Ile            Isoleucine
          L           Leu            Leucine
          K           Lys            Lysine
          M           Met            Methionine
          F           Phe            Phenylalanine
          P           Pro            Proline
		  O           Pyl            Pyrrolysine (22nd amino acid)
		  U           Sec            Selenocysteine (21st amino acid)
          S           Ser            Serine
          T           Thr            Threonine
          W           Trp            Tryptophan
          Y           Tyr            Tyrosine
          V           Val            Valine
          B           Asx            Aspartic acid or Asparagine
          Z           Glx            Glutamine or Glutamic acid
		  J           Xle            Isoleucine or Valine (mass spec ambiguity)
          X           Xaa            Any or unknown amino acid
 
 
It is worth noting that, "Bacterial" codon table no. 11 produces an
polypeptide that is, confusingly, identical to the standard one. The
only differences are in available initiator codons.
 
 
NCBI Genetic Codes home page:
     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c
 
EBI Translation Table Viewer:
     http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/mutations/trtables.cgi
 
Amended ASN.1 version with ids 16 and 21 is at:
     ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/geneticcode/
 
Thanks to Matteo diTomasso for the original Perl implementation
of these tables.
 
=head1 FEEDBACK
 
=head2 Mailing Lists
 
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to the
Bioperl mailing lists  Your participation is much appreciated.
 
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
 
=head2 Reporting Bugs
 
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
web:
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
 
=head1 AUTHOR - Heikki Lehvaslaiho
 
Email:  heikki-at-bioperl-dot-org
 
=head1 APPENDIX
 
The rest of the documentation details each of the object
methods. Internal methods are usually preceded with a _
 
=cut
 
 
# Let the code begin...
 
package Bio::Tools::CodonTable;
use vars qw(@NAMES @TABLES @STARTS $TRCOL $CODONS %IUPAC_DNA 	    $CODONGAP $GAP
	    %IUPAC_AA %THREELETTERSYMBOLS $VALID_PROTEIN $TERMINATOR);
use strict;
 
# Object preamble - inherits from Bio::Root::Root
use Bio::Tools::IUPAC;
use Bio::SeqUtils;
 
use base qw(Bio::Root::Root);
 
 
# first set internal values for all translation tables
 
BEGIN { 
    use constant CODONSIZE => 3;
    $GAP = '-';
    $CODONGAP = $GAP x CODONSIZE;
 
    @NAMES =			#id
	(
	 'Standard',		#1
	 'Vertebrate Mitochondrial',#2
	 'Yeast Mitochondrial',# 3
	 'Mold, Protozoan, and CoelenterateMitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma',#4
	 'Invertebrate Mitochondrial',#5
	 'Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear',# 6
	 '', '',
	 'Echinoderm Mitochondrial',#9
	 'Euplotid Nuclear',#10
	 '"Bacterial"',# 11
	 'Alternative Yeast Nuclear',# 12
	 'Ascidian Mitochondrial',# 13
	 'Flatworm Mitochondrial',# 14
	 'Blepharisma Nuclear',# 15
	 'Chlorophycean Mitochondrial',# 16
	 '', '',  '', '',
	 'Trematode Mitochondrial',# 21
	 'Scenedesmus obliquus Mitochondrial', #22
	 'Thraustochytrium Mitochondrial' #23
	 );
 
    @TABLES =
	qw(
	   FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSS**VVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CCWWTTTTPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYYQQCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   '' ''
	   FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CCCWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CC*WLLLSPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSGGVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYYY*CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY*QCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FFLLSSSSYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   '' '' '' ''
	   FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG   
	   FFLLSS*SYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   FF*LSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
	   );
 
 
    @STARTS =
	qw(
	   ---M---------------M---------------M----------------------------
	   --------------------------------MMMM---------------M------------
	   ----------------------------------MM----------------------------
	   --MM---------------M------------MMMM---------------M------------
	   ---M----------------------------MMMM---------------M------------
	   -----------------------------------M----------------------------
	   '' ''
	   -----------------------------------M----------------------------
	   -----------------------------------M----------------------------
	   ---M---------------M------------MMMM---------------M------------
	   -------------------M---------------M----------------------------
	   -----------------------------------M----------------------------
	   -----------------------------------M----------------------------
	   -----------------------------------M----------------------------
	   -----------------------------------M----------------------------
	   '' ''  '' ''
	   -----------------------------------M---------------M------------  
	   -----------------------------------M----------------------------
	   --------------------------------M--M---------------M------------
	   );
 
    my @nucs = qw(t c a g);
    my $x = 0;
    ($CODONS, $TRCOL) = ({}, {});
    for my $i (@nucs) {
	for my $j (@nucs) {
	    for my $k (@nucs) {
		my $codon = "$i$j$k";
		$CODONS->{$codon} = $x;
		$TRCOL->{$x} = $codon;
		$x++;
	    }
	}
    }
    %IUPAC_DNA = Bio::Tools::IUPAC->iupac_iub();    
    %IUPAC_AA = Bio::Tools::IUPAC->iupac_iup();
    %THREELETTERSYMBOLS = Bio::SeqUtils->valid_aa(2);
    $VALID_PROTEIN = '['.join('',Bio::SeqUtils->valid_aa(0)).']';
    $TERMINATOR = '*';
}
 
sub new {
    my($class,@args) = @_;
    my $self = $class->SUPER::new(@args);
 
    my($id) =
	$self->_rearrange([qw(ID
			     )],
			 @args);
 
    $id = 1 if ( ! $id );
    $id  && $self->id($id);
    return $self; # success - we hope!
}
 
=head2 id
 
 Title   : id
 Usage   : $obj->id(3); $id_integer = $obj->id();
 Function:
 
           Sets or returns the id of the translation table.  IDs are
           integers from 1 to 15, excluding 7 and 8 which have been
           removed as redundant. If an invalid ID is given the method
           returns 0, false.
 
 
 Example :
 Returns : value of id, a scalar, 0 if not a valid
 Args    : newvalue (optional)
 
=cut
 
sub id{
   my ($self,$value) = @_;
   if( defined $value) {
       if (  !(defined $TABLES[$value-1]) or $TABLES[$value-1] eq '') {
	   $self->warn("Not a valid codon table ID [$value] ");
	   $value = 0;
       }
       $self->{'id'} = $value;
   }
   return $self->{'id'};
}
 
=head2 name
 
 Title   : name
 Usage   : $obj->name()
 Function: returns the descriptive name of the translation table
 Example :
 Returns : A string
 Args    : None
 
 
=cut
 
sub name{
   my ($self) = @_;
 
   my ($id) = $self->{'id'};
   return $NAMES[$id-1];
}
 
=head2 tables
 
 Title   : tables
 Usage   : $obj->tables()  or  Bio::Tools::CodonTable->tables()
 Function: returns a hash reference where each key is a valid codon
           table id() number, and each value is the corresponding
           codon table name() string
 Example :
 Returns : A hashref
 Args    : None
 
 
=cut
 
sub tables{
  my %tables;
  for my $id (1 .. @NAMES) {
    my $name = $NAMES[$id-1];
    $tables{$id} = $name if $name;
  }
  return \%tables;
}
 
=head2 translate
 
 Title   : translate
 Usage   : $obj->translate('YTR')
 Function: Returns a string of one letter amino acid codes from 
           nucleotide sequence input. The imput can be of any length.
 
           Returns 'X' for unknown codons and codons that code for
           more than one amino acid. Returns an empty string if input
           is not three characters long. Exceptions for these are:
 
             - IUPAC amino acid code B for Aspartic Acid and
               Asparagine, is used.
             - IUPAC amino acid code Z for Glutamic Acid, Glutamine is
               used.
             - if the codon is two nucleotides long and if by adding
               an a third character 'N', it codes for a single amino
               acid (with exceptions above), return that, otherwise
               return empty string.
 
           Returns empty string for other input strings that are not
           three characters long.
 
 Example :
 Returns : a string of one letter ambiguous IUPAC amino acid codes
 Args    : ambiguous IUPAC nucleotide string
 
 
=cut
 
sub translate {
    my ($self, $seq) = @_;
    $self->throw("Calling translate without a seq argument!") unless defined $seq;
    return '' unless $seq;
 
    my $id = $self->id;
    my ($partial) = 0;
    $partial = 2 if length($seq) % CODONSIZE == 2;
 
    $seq = lc $seq;
    $seq =~ tr/u/t/;
    my $protein = "";
    if ($seq =~ /[^actg]/ ) { #ambiguous chars
        for (my $i = 0; $i < (length($seq) - (CODONSIZE-1)); $i+= CODONSIZE) {
            my $triplet = substr($seq, $i, CODONSIZE);
	    if( $triplet eq $CODONGAP ) {
		$protein .= $GAP;
	    } elsif (exists $CODONS->{$triplet}) {
		$protein .= substr($TABLES[$id-1], 
				   $CODONS->{$triplet},1);
	    } else {
		$protein .= $self->_translate_ambiguous_codon($triplet);
	    }
	}
    } else { # simple, strict translation
	for (my $i = 0; $i < (length($seq) - (CODONSIZE -1)); $i+=CODONSIZE) {
            my $triplet = substr($seq, $i, CODONSIZE); 
            if( $triplet eq $CODONGAP ) {
		$protein .= $GAP;
	    } if (exists $CODONS->{$triplet}) {
                $protein .= substr($TABLES[$id-1], $CODONS->{$triplet}, 1);
	    } else {
                $protein .= 'X';
            }
        }
    }
    if ($partial == 2) { # 2 overhanging nucleotides
	my $triplet = substr($seq, ($partial -4)). "n";
	if( $triplet eq $CODONGAP ) {
	    $protein .= $GAP;
	} elsif (exists $CODONS->{$triplet}) {
	    my $aa = substr($TABLES[$id-1], $CODONS->{$triplet},1);       
	    $protein .= $aa;
	} else {
	    $protein .= $self->_translate_ambiguous_codon($triplet, $partial);
	}
    }
    return $protein;
}
 
sub _translate_ambiguous_codon {
    my ($self, $triplet, $partial) = @_;
    $partial ||= 0;
    my $id = $self->id;
    my $aa;
    my @codons = _unambiquous_codons($triplet);
    my %aas =();
    foreach my $codon (@codons) {
	$aas{substr($TABLES[$id-1],$CODONS->{$codon},1)} = 1;
    }
    my $count = scalar keys %aas;
    if ( $count == 1 ) {
	$aa = (keys %aas)[0];
    }
    elsif ( $count == 2 ) {
	if ($aas{'D'} and $aas{'N'}) {
	    $aa = 'B';
	}
	elsif ($aas{'E'} and $aas{'Q'}) {
	    $aa = 'Z';
	} else {
	    $partial ? ($aa = '') : ($aa = 'X');
	}
    } else {
	$partial ? ($aa = '') :  ($aa = 'X');
    }
    return $aa;
}
 
=head2 translate_strict
 
 Title   : translate_strict
 Usage   : $obj->translate_strict('ACT')
 Function: returns one letter amino acid code for a codon input
 
           Fast and simple translation. User is responsible to resolve
           ambiguous nucleotide codes before calling this
           method. Returns 'X' for unknown codons and an empty string
           for input strings that are not three characters long.
 
           It is not recommended to use this method in a production
           environment. Use method translate, instead.
 
 Example :
 Returns : A string
 Args    : a codon = a three nucleotide character string
 
 
=cut
 
sub translate_strict{
   my ($self, $value) = @_;
   my ($id) = $self->{'id'};
 
   $value  = lc $value;
   $value  =~ tr/u/t/;
 
   if (length $value != 3 ) {
       return '';
   }
   elsif (!(defined $CODONS->{$value}))  {
       return 'X';
   }
   else {
       return substr($TABLES[$id-1],$CODONS->{$value},1);
   }
}
 
=head2 revtranslate
 
 Title   : revtranslate
 Usage   : $obj->revtranslate('G')
 Function: returns codons for an amino acid
 
           Returns an empty string for unknown amino acid
           codes. Ambiquous IUPAC codes Asx,B, (Asp,D; Asn,N) and
           Glx,Z (Glu,E; Gln,Q) are resolved. Both single and three
           letter amino acid codes are accepted. '*' and 'Ter' are
           used for terminator.
 
           By default, the output codons are shown in DNA.  If the
           output is needed in RNA (tr/t/u/), add a second argument
           'RNA'.
 
 Example : $obj->revtranslate('Gly', 'RNA')
 Returns : An array of three lower case letter strings i.e. codons
 Args    : amino acid, 'RNA'
 
=cut
 
sub revtranslate {
    my ($self, $value, $coding) = @_;
    my ($id) = $self->{'id'};
    my (@aas,  $p);
    my (@codons) = ();
 
    if (length($value) == 3 ) {
	$value = lc $value;
	$value = ucfirst $value;
	$value = $THREELETTERSYMBOLS{$value};
    }
    if ( defined $value and $value =~ /$VALID_PROTEIN/ 
	 and length($value) == 1 ) {
	$value = uc $value;
	@aas = @{$IUPAC_AA{$value}};	
	foreach my $aa (@aas) {
	    #print $aa, " -2\n";
	    $aa = '\*' if $aa eq '*';
	    while ($TABLES[$id-1] =~ m/$aa/g) {
		$p = pos $TABLES[$id-1];
		push (@codons, $TRCOL->{--$p});
	    }
	}
    }
 
    if ($coding and uc ($coding) eq 'RNA') {
	for my $i (0..$#codons)  {
	    $codons[$i] =~ tr/t/u/;
	}
    }
 
    return @codons;
}
=head2 reverse_translate_all
 
 Title   : reverse_translate_all
 Usage   : my $iup_str = $cttable->reverse_translate_all($seq_object)
           my $iup_str = $cttable->reverse_translate_all($seq_object,
                                                         $cutable,
                                                         15);
 Function: reverse translates a protein sequence into IUPAC nucleotide
           sequence. An 'X' in the protein sequence is converted to 'NNN'
           in the nucleotide sequence.
 Returns : a string
 Args    : a Bio::PrimarySeqI compatible object (mandatory)
           a Bio::CodonUsage::Table object and a threshold if only
             codons with a relative frequency above the threshold are
             to be considered. 
 
 
=cut
 
sub reverse_translate_all {
 
	my ($self, $obj, $cut, $threshold) = @_;
 
    ## check args are OK
 
	if (!$obj || !$obj->isa('Bio::PrimarySeqI')){
		$self->throw(" I need a Bio::PrimarySeqI object, not a [".
						ref($obj) . "]");
		}
	if($obj->alphabet ne 'protein')	{
		$self->throw("Cannot reverse translate, need an amino acid sequence .".
                     "This sequence is of type [" . $obj->alphabet ."]");
		}
	my @data;
	my @seq = split '', $obj->seq;
 
	## if we're not supplying a codon usage table...
	if( !$cut && !$threshold) {
		## get lists of possible codons for each aa. 
		for my $aa (@seq) {
			if ($aa =~ /x/i) {
				push @data, (['NNN']);
			}else {
				my @cods = $self->revtranslate($aa);
				push @data, \@cods;
			}
		}
	}else{
	#else we are supplying a codon usage table, we just want common codons
	#check args first. 
		if(!$cut->isa('Bio::CodonUsage::Table'))	{
			$self->throw("I need a Bio::CodonUsage::Table object, not a [".
                     ref($cut). "].");
			}
		my $cod_ref = $cut->probable_codons($threshold);
		for my $aa (@seq) {
			if ($aa =~ /x/i) {
				push @data, (['NNN']);
				next;
				}
			push @data, $cod_ref->{$aa};
		}
	}
 
	return $self->_make_iupac_string(\@data);
 
}
 
=head2 is_start_codon
 
 Title   : is_start_codon
 Usage   : $obj->is_start_codon('ATG')
 Function: returns true (1) for all codons that can be used as a
           translation start, false (0) for others.
 Example : $myCodonTable->is_start_codon('ATG')
 Returns : boolean
 Args    : codon
 
 
=cut
 
sub is_start_codon{
   my ($self, $value) = @_;
   my ($id) = $self->{'id'};
 
   $value  = lc $value;
   $value  =~ tr/u/t/;
 
   if (length $value != 3  )  {
       return 0;
   }
   else {
       my $result = 1;
       my @ms = map { substr($STARTS[$id-1],$CODONS->{$_},1) } _unambiquous_codons($value);
       foreach my $c (@ms) {
	   $result = 0 if $c ne 'M';
       }
       return $result;
   }
}
 
 
 
=head2 is_ter_codon
 
 Title   : is_ter_codon
 Usage   : $obj->is_ter_codon('GAA')
 Function: returns true (1) for all codons that can be used as a
           translation tarminator, false (0) for others.
 Example : $myCodonTable->is_ter_codon('ATG')
 Returns : boolean
 Args    : codon
 
 
=cut
 
sub is_ter_codon{
   my ($self, $value) = @_;
   my ($id) = $self->{'id'};
 
   $value  = lc $value;
   $value  =~ tr/u/t/;
 
   if (length $value != 3  )  {
       return 0;
   }
   else {
       my $result = 1;
       my @ms = map { substr($TABLES[$id-1],$CODONS->{$_},1) } _unambiquous_codons($value);
       foreach my $c (@ms) {
	   $result = 0 if $c ne $TERMINATOR;
       }
       return $result;
   }
}
 
=head2 is_unknown_codon
 
 Title   : is_unknown_codon
 Usage   : $obj->is_unknown_codon('GAJ')
 Function: returns false (0) for all codons that are valid,
	    true (1) for others.
 Example : $myCodonTable->is_unknown_codon('NTG')
 Returns : boolean
 Args    : codon
 
 
=cut
 
sub is_unknown_codon{
   my ($self, $value) = @_;
   my ($id) = $self->{'id'};
 
   $value  = lc $value;
   $value  =~ tr/u/t/;
 
   if (length $value != 3  )  {
       return 1;
   }
   else {
       my $result = 0;
       my @cs = map { substr($TABLES[$id-1],$CODONS->{$_},1) } _unambiquous_codons($value);
       $result = 1 if scalar @cs == 0;
       return $result;
   }
}
 
=head2 _unambiquous_codons
 
 Title   : _unambiquous_codons
 Usage   : @codons = _unambiquous_codons('ACN')
 Function:
 Example :
 Returns : array of strings (one letter unambiguous amino acid codes)
 Args    : a codon = a three IUPAC nucleotide character string
 
=cut
 
sub _unambiquous_codons{
    my ($value) = @_;
    my @nts = ();
    my @codons = ();
    my ($i, $j, $k);
    @nts = map { $IUPAC_DNA{uc $_} }  split(//, $value);
    for my $i (@{$nts[0]}) {
	for my $j (@{$nts[1]}) {
	    for my $k (@{$nts[2]}) {
		push @codons, lc "$i$j$k";
	    }
	}
    }
    return @codons;
}
 
=head2 add_table
 
 Title   : add_table
 Usage   : $newid = $ct->add_table($name, $table, $starts)
 Function: Add a custom Codon Table into the object.
           Know what you are doing, only the length of
           the argument strings is checked!
 Returns : the id of the new codon table
 Args    : name, a string, optional (can be empty)
           table, a string of 64 characters
           startcodons, a string of 64 characters, defaults to standard
 
=cut
 
sub add_table {
    my ($self, $name, $table, $starts) = @_;
 
    $name ||= 'Custom'. scalar @NAMES + 1;
    $starts ||= $STARTS[0]; 
    $self->throw('Suspect input!')
        unless length($table) == 64 and length($starts) == 64;
 
    push @NAMES, $name;
    push @TABLES, $table;
    push @STARTS, $starts;
 
    return scalar @NAMES;
 
}
 
sub _make_iupac_string {
 
	my ($self, $cod_ref) = @_;
	if(ref($cod_ref) ne 'ARRAY') {
		$self->throw(" I need a reference to a list of references to codons, ".
					 " not a [". ref($cod_ref) . "].");
		}
    my %iupac_hash   = Bio::Tools::IUPAC->iupac_rev_iub();
	my $iupac_string = ''; ## the string to be returned
	for my $aa (@$cod_ref) {
 
		## scan through codon positions, record the differing values,	
		# then look up in the iub hash
		for my $index(0..2) {
			my %h;
			map { my $k = substr($_,$index,1);
		 		$h{$k}  = undef;} @$aa;
			my $lookup_key = join '', sort{$a cmp $b}keys %h;
 
            ## extend string 
			$iupac_string .= $iupac_hash{uc$lookup_key};
		}
	}
    return $iupac_string;
 
}
 
 
1;

Je vais clore le sujet, merci pour ton aide.

[Jasmine80]

J'arrive pas à dormir et j'ai du code qui me trotte en tête ... est-ce grave docteur?

J'ai une nouvelle question qui m'est venue. Les antivirus utilisent des signatures afin de reconnaitre les virus. Comment se fait-il que cela soit confondu avec un script perl?

[Jedai]

J'ai une nouvelle question qui m'est venue. Les antivirus utilisent des signatures afin de reconnaitre les virus. Comment se fait-il que cela soit confondu avec un script perl?

Les antivirus utilisent une panoplie de méthodes dont les signatures, mais pas seulement.
Je suppose qu'une heuristique mal réglée a confondu un bout de texte du code Perl avec une tentative de Phising quoique j'ai du mal à voir comment... C'est presque à coup sûr une fausse alerte (c'est relativement commun, regarde le nombre d'installateurs qui précise maintenant de désactiver l'antivirus durant l'installation ou que tel et tel antivirus donne une fausse alerte durant l'installation, etc...).

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Jedaï