Discussion :

[abysse]

Bonjour,
Je viens de débuter en bioinfo et j'aimerais savoir s'il est possible de récupérer des infos issus des Blast comme :
les 3 Hits de Blast
le phylum
l'ordre
le pourcentage de couverture de la séquence
le pourcentage de similarité
le numéro d'accession
le titre de la publication
et isolation source (possibilité de rechercher les séquences en fonction de certains mots clés)

merci par avance, s'il existe une possibilité de programmer, cela m'aiderai énormément.

[Jasmine80]

Bonjour abysse,

Il y a moyen de faire un blast sur une propre base de données que tu crées à l'aide de use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast; (1)
Tu peux également blaster 2 séquences que tu entres. (2)
Pour ces deux premiers cas, je pourrais t'aider mais ce n'est pas ce que tu veux.

Pour ce qui est de directement récupérer les résultats d'un blast sur GenBank, je n'ai jamais réussi car il faut télécharger sur ton PC les bases de données énormes de Genbank. De là tu peux repasser à mon point (1). Il y a peut être un autre moyen, mais je ne le connais pas.

# download BLAST databases
#--------------------------
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/

http://search.cpan.org/~birney/biope...dAloneBlast.pm

Voici le genre de fichier que j'obtiens en faisant un blast en local

Sequences producing significant alignments: (bits) Value

50401 212 3e-058
41966 180 1e-048
17106 180 1e-048
929 180 1e-048
48130 135 6e-035
38614 135 6e-035
...

>50401
Length = 535

Score = 212 bits (107), Expect = 3e-058
Identities = 107/107 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 20 gtcttgctgcaagcaagactcgccttaaaacgattggcagccggcctactggtttcggag 79
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 399 gtcttgctgcaagcaagactcgccttaaaacgattggcagccggcctactggtttcggag 458


Query: 80 cgcagcacattttttgcgcttgcaaccagcaaaagaggttggcgatc 126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 459 cgcagcacattttttgcgcttgcaaccagcaaaagaggttggcgatc 505


>41966
Length = 565

Score = 180 bits (91), Expect = 1e-048
Identities = 94/95 (98%)
Strand = Plus / Plus


Query: 32 gcaagactcgccttaaaacgattggcagccggcctactggtttcggagcgcagcacattt 91
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 422 gcaagactcgccttaaaacgattggcagccggcctactggtttcggagcgcagcacatat 481


Query: 92 tttgcgcttgcaaccagcaaaagaggttggcgatc 126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 482 tttgcgcttgcaaccagcaaaagaggttggcgatc 516


>17106
Length = 537

Score = 180 bits (91), Expect = 1e-048
Identities = 94/95 (98%)
Strand = Plus / Plus


Query: 32 gcaagactcgccttaaaacgattggcagccggcctactggtttcggagcgcagcacattt 91
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 394 gcaagactcgccttaaaacgattggcagccggcctactggtttcggagcgcagcacatat 453


Query: 92 tttgcgcttgcaaccagcaaaagaggttggcgatc 126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 454 tttgcgcttgcaaccagcaaaagaggttggcgatc 488



Score = 24.3 bits (12), Expect = 0.15
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 1 tggtgttgggcg 12
||||||||||||
Sbjct: 365 tggtgttgggcg 376

Ce que je ferais à ta place, c'est faire le blast sur le net, copier le résultat dans un fichier texte et lire ce dernier à l'aide d'un programme perl afin de récupérer les informations souhaitées.
http://search.cpan.org/~lds/Boulder-...ulder/Blast.pm


Bon courage,


Jasmine,

[mat21]

Salut,


Tu peux utiliser les librairies BioPerl.

pour lancer un blast à distance, tu peux utiliser
Bio::Tools::Run::RemoteBlast

et pour parser un fichier de blast, tu trouveras un exemple de code ici
http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Se...Using_SearchIO