Discussion :

[lnegri]

Bonjour,

j aurais voulu savoir si il etait possible de recuperer une valeur en Perl en plein milieu d une page web ? ou est ce qu un autre langage serait plus adapte ?

exemple :
-la page est la suivante :
http://us.expasy.org/uniprot/Q8X0Z6

- et je voudrais recuperer la valeur "Primary accession number" (2eme case du tableau) pour la stocker dans un fichier excel.

merci d avance

[GLDavid]

Bonjour et bienvenue à toi.

Tu as plusieurs solutions mais avant tout, je voudrais attirer ton attention sur la fonction Rechercher : de telles questions sont fréquentes et à l'aide du moteur de recherche de dvp.com, tu trouveras rapidement.
Sinon, je vois que tu pourrais utiliser LWP::Simple grâce à puis parser le flux HTML pour récupérer ce qui t'intéresse (une regexp et c'est gagné).

@++

[djibril]

Apres les bonnes reponses de david , je voudrais par curiosité connaitre l'interet de recuperer un accession number (uniprot) au hasard sur une page. Quel est le but de ton script, car tant de peine pour ça
Peux tu nous en dire plus sur ton but, merci!!!

[lnegri]

Ok merci beaucoup !! mais je ne m y connais pas assez en Perl donc il va falloir que je fasse des recherches sur comment "parser" je pense...

Ce que je dois reellement faire :
- lire un fichier Excel (en Visual Basic ?) qui contient 22000 proteines
- A chaque proteine, il faudrait que je recherche son "Primary accession number" sur le site (d ou un script Perl je pense)
- Et reecrire cette valeur dans le fichier Excel !

Est ce que vous pensez que c est possible automatiquement ?
(et est ce que VB et Perl peuvent etre "couples" ?)

Merci d avance !!

[djibril]

c faisable, le tout même en perl. Mais si tu n'y connais rien en perl, va te falloir un peu de temps d'apprentissage . sinon pourquoi ne pas downloader uniprot et le parser. ca te prendrait moins de temps!!!
courage

[Gamdwin]

Ok merci beaucoup !! mais je ne m y connais pas assez en Perl donc il va falloir que je fasse des recherches sur comment "parser" je pense...

Ce que je dois reellement faire :
- lire un fichier Excel (en Visual Basic ?) qui contient 22000 proteines
- A chaque proteine, il faudrait que je recherche son "Primary accession number" sur le site (d ou un script Perl je pense)
- Et reecrire cette valeur dans le fichier Excel !

Est ce que vous pensez que c est possible automatiquement ?
(et est ce que VB et Perl peuvent etre "couples" ?)

Merci d avance !!

Il y a un module PERL pour les fichiers excel, tu pourras le trouver facilement sur http://www.cpan.org

Sinon pour les valeurs du site, ça risque de prendre un sacré temps d'aller se connecter sur un site pour aller récupérer la bonne valeur sur une page à chaque fois.

A base de 22.000 connexions, je pense que ça pourrait même être considéré comme du flood, non ?

[GLDavid]

+1 à Djibril et à Gamdwin.
Effectivement, il serait plus simple de dowloader Uniprot. Concernant ton problème de lecture/écriture de fichiers Excel, je te recommande de voir sur les modules ParseExcel et WriteExcel.

@++

PS : concernant ton apprentissage de Perl, consultes notre belle

[GLDavid]

Inegri, si tu veux tu peux m'envoyer par email ton fichier Excel (à moins qu'il soit dispo sur le Web). J'écrirais un petit script pour te montrer l'utilisation de ces modules.

@++

[djibril]

qu'il est gentil David
On laisse pas tomber un bioinformaticien

[GLDavid]

qu'il est gentil David
On laisse pas tomber un bioinformaticien

+1 ! Au fait, il y a eu la création de la Société Française de Bioinformatique.
Mais au sujet de la bioinfo, je me pose pas mal de question, mais je dérive, je dérive !!!
Toujours est-il qu'entre VRAIS Bioinformaticiens qui codent en Perl ,Java, C, etc, etc, serrons-nous les coudes !

@++

[lnegri]

Merci beaucoup pour tous vos tuyaux !!

Je veux bien envoyer un exemple de fichier excel simplifie mais je n ai pas trouve ton adresse e-mail David !

Oui vive la BioInformatique meme si des fois c est pas evident hein...

Merci d avance