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#!usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $description ="Description.txt";
open (DESCRIPT, $description) or
die "Desole, impossible d'acceder à ".$description.".\n";
# lignes du fichier Description
my @lignes = <DESCRIPT>;
my $i;
my $indexcourant = 0;
my $selection = 1;
my $nombrecodeecran = 70;
my %Tablecode = ();
while ($selection)
{
# on affiche les nombrecodeecran premier code a partir de la position indexcourant
for ( $i=$indexcourant; $i<$indexcourant+$nombrecodeecran; $i++)
{print "$lignes[$i]";}
print "\tindice du codage choisi: ";
chomp (my $indice = <STDIN>);
if ($indice=~ m/\A\d+\Z/)
{
# on sort de la boucle
$selection = 0;
print "Le code selectionne est $indice\n";
Attribution($indice);
Encodage(\%Tablecode);
}
else {
if ($indice=~ m/\A\s*\Z/ ){
$indexcourant += $nombrecodeecran;
}
else { print "Vous avez rentré un mauvais numero" }
}
}
sub Attribution {
my $codage ="Codage.txt";
open (CODAGE,$codage)or
die "Desole, impossible d'acceder à ".$codage.".\n";
my $ligne;
my $ligne2;
my $ligne3;
my %Tablecode = ();
my @code = ();my $code;
my @code2= ();my $code2;
#lignes du fichier Codage
while ($ligne = <CODAGE>) {
if ($ligne =~ /^$_[0]\t/) #on recherche les lignes concernant l'indice rentré par utilisateur
{
#premiere ligne de codage
$ligne2 = <CODAGE>;
@code=split/\s+/,$ligne2;
#deuxieme ligne de codage
$ligne3 = <CODAGE>;
@code2=split/\s+/,$ligne3;
my %Tablecode =("A"=>$code[1], "R"=>$code[2], "N"=>$code[3], "D"=>$code[4], "C"=>$code[5], "Q"=>$code[6], "E"=>$code[7], "G"=>$code[8], "H"=>$code[9], "I"=>$code[10], "L" => $code2[1], "K" => $code2[2], "M" => $code2[3], "F" => $code2[4], "P" => $code2[5], "S" => $code2[6], "T" => $code2[7], "W" => $code2[8], "Y" => $code2[9], "V" => $code2[10]);
print "Vos Valeurs sont les suivantes:\n";
#while((my $clef,my $valeur)=each %Tablecode)
# {
# print "$clef => $valeur\n";}
return (\%Tablecode);
}
else {next}
}
}
sub Encodage {
my ($ref_Tablecode) = @_;
for my $cle (keys %{$ref_Tablecode}) {
print "$cle => $ref_Tablecode->{$cle}\n";}
#ICI C'EST LA SUITE DE MON SCRIPT QUI VA LIRE LE FICHIER DE SEQUENCES ET C'EST DANS CETTE PARTIE QUE JE VAIS RAJOUTER LE TITE BOUT CI DESSUS
(JE VAIS PAR ETAPE)
my $OutFile= ">outpg1.fasta";
my $seq = "";
my $counter = 1;
my $nom="Description.txt";
#interrogation de l'utilisateur:
#print " nom du fichier a traiter dans le dossier sequence: ";
#chomp (my $fileName = <STDIN>);
my $fileName="jeu2.fasta";
open (INFILE, $fileName) or
die "Desole, impossible d'acceder a ".$fileName.".\n";
open(OUTFILE,$OutFile);
# traite le cas du premier identifiant du document
my $ligne=<INFILE>;
if ($ligne =~ /^(>gi\|(\d+)\|[\w.]+\|)/){
my $id = $1; #$1 == (>gi\|(\d+)\|[\w.]+\|)
print OUTFILE $id.";"};
# traite le cas de la sequence du premier identifiant puis des autres (id,sequence) du
# fichier
my @temp = ();
my $temp2;my $long;
while ($ligne = <INFILE>) {
#elimination des lignes vides dans le fichier
if ($ligne =~ /^[\s\t]+$/) { next }
else {
if ($ligne =~ /^(>gi\|(\d+)\|[\w.]+\|)/){
if ($counter == 0) {
$seq=~ s/;$//; #regex qui dit "si le dernier caractere est un ; remplace le par rien "
print OUTFILE"$seq;$long\n";
$seq="";
$ligne =~ /^(>gi\|(\d+)\|[\w.]+\|)/; #je réécris cette ligne pour pouvoir affecter la parenthèse de la regex à $i
my $id = $1; #$1 == (>gi\|(\d+)\|[\w.]+\|)
print OUTFILE $id.";";
$counter = 1;
$long = 0;
}
}
else {
@temp = split(/\s+/, $ligne);
$temp2 = join(";",@temp);
$seq .= $temp2;
$long += length($temp2);
$counter = 0;
}
}
}
# traite le cas de la derniere sequence du document
$seq=~ s/;$//; #regex qui dit "si le dernier caractere est un ; remplace le par rien "
print OUTFILE "$seq;$long\n";
} |
reprendre une hash crée dans un sous programme
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