Discussion :

[Jedai]

normalement, il n'y a même pas bseoin de compiler.
En rajoutant les repositories de bioperl que j'ai cité plus haut, ça suffisait pour installer bioperl via l'interface TK.

Là il n'a pas besoin de compiler, je l'ai fait pour lui. Néanmoins le repository Bioperl n'offre de support que pour PPM version 4, or visiblement Jasmine80 n'a que PPM3 (s'il peut mettre à jour son Perl évidemment c'est une meilleure solution, mais bon...).

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Jedaï

[djibril]

A oui, c vrai, j'ai pas fait gaffe qu'il ne disposait pas de ppm4.

[Jasmine80]

Bonjour,


Comment se fait-il qu'en effectuant une recherche dans mes repositories, je n'ai pas accès au PPM4?
Qu'est-ce que l'interface TK? J'utilise l'invite de commande de windows pour aller sur ppm.

s'il peut mettre à jour son Perl évidemment c'est une meilleure solution, mais bon...

Est-ce si difficile que ça? Comment dois-je faire?

C'est parce que tu n'as toujours pas installé Bioperl... Je te fais le même paquetage mais pour Bioperl cette fois :
tu télécharges l'archive, tu la décompresses dans le répertoire rep et tu lances "ppm install rep\bioperl.ppd".

J'ai fait comme tu me l'as expliquer et est apparu à l'écran plein de messages
PROVIDE NAME = "...." et plein d'autres REQUIRE NAME = "....".
Est-ce normal?
Sinon, j'ai bien un nouveau répertoire C:\Perl\site\lib\auto\bioperl
Mais, j'ai toujours le message d'erreur

Can't locate Bio/Tools/HMM.pm in @INC (@INC contains: P:\Perl\scripts\MANIPU~1\HMM\ C:/Perl/lib C:/Perl/site/lib .) at P:\Perl\scripts\MANIPU~1\HMM\HMM.pl line 12.

Merci,


Jasmine,


PS: je suis une fille (j'espère ne pas être pour autant un cas désespéré en info), si vous pouviez parler de moi au féminin, je préférerais.

[djibril]

Desinstalle perl sur ta machine (via panneau de conf) et reinstalle la nouvelle version de perl comme indisué dans la FAQ).
Nous sommes à la version 5.8.8 built 820.

[Jasmine80]

J'utilise Windows XP professionnel version 5.1 quel Bioperl dois-je choisir?
Ma version actuelle de Perl est la 5.8.3
http://www.activestate.com/store/dow...5-08d58c2648ca

dans
=> Verify system requirements
il est noté
=> Windows XP does not need to be updated

Donc aucune version n'est proposée pour windows XP

Cela veut-il dire qu'à moins de passer sous un autre OS, il me sera impossible d'utiliser HMM.pm?

Jasmine,

Merci,

[djibril]

Windows (x86) tu prends le msi.
Voilà, t'aura déjà ton perl à jours.
Ensuite tu rajoutes les repositories comme je l'ai dit plus haut et tu pourras ensuite mettre bioperl 1.5.2 la plus à jours.
Mais c'est par pour autant que tu auras le module via ppm.
Mais bon tu pourras essayer ensuite de l'installer via ce que t'as donnée jeadai

voilà, fais déjà ça et on voit apres

[Jasmine80]

J'ai fait un
perl -v

... je me rends compte que j'utilise la version construite pour Win32-X36
... mes programmes ont toujours bien fonctionnés pourtant
... est-ce de là que provient le problème?

Que dois-je faire, désinstaller ma version et y mettre le 5.8.8 d'un autre windows que xp?
Ou désinstaller ma version actuelle et y mettre la plus récente construite^pour xp?


Jasmine,

[Jasmine80]

Windows (x86) tu prends le msi.
Voilà, t'aura déjà ton perl à jours.
Ensuite tu rajoutes les repositories comme je l'ai dit plus haut et tu pourras ensuite mettre bioperl 1.5.2 la plus à jours.
Mais c'est par pour autant que tu auras le module via ppm.
Mais bon tu pourras essayer ensuite de l'installer via ce que t'as donnée jeadai

voilà, fais déjà ça et on voit apres

D'accord, merci, je vais suivre tes conseils.
Voila, j'ai désinstaller 5.8.3 et je suis entrain d'installer 5.8.8.




Jasmine,

[Jasmine80]

Tout va bien, je viens de lancer un de mes vieux programmes, il fonctionne bien.

Jasmine,

[djibril]

c'est à dire

[Jasmine80]

Cela veut donc dire que Perl a bien été réinstallé vu que mes programmes qui tournaient sous Perl 5.8.5 tournent toujours. sous Perl 5.8.8 Il y a juste des warnings en plus de sous routines redéfinies.

Par contre mon programme HMM.pl qui fait appel à HMM.pm ne fonctionne toujours pas .

Can't locate Bio/Tools/HMM.pm in @INC (@INC contains: P:\Perl\scripts\MANIPU~1\HMM\ C:/Perl/site/lib C:/Perl/lib .) at P:\Perl\scripts\MANIPU~1\HMM\HMM.pl line 12.

Est-ce dû au fait que j'ai installé hmm.ppd sous une vieille version de Perl?

Cette après midi, je risque d'être un peu débordée au labo, mais je reviens pour la suite dès que possible.


Encore merci,


Jasmine,

[Jedai]

C'est parce que Bioperl n'est toujours pas installé. Je pense qu'il te manquait certains repository pour pouvoir installer le bioperl.ppd que je t'avais envoyé... Essaie de suivre strictement la procédure proposé par le wiki bioperl, maintenant ça devrait marcher.

--
Jedaï

[Jasmine80]

C'est super chouette le Perl Package Manager, je comprends maintenant que vous parliez d'interface tk.

Pour les modules bioperl, je te conseil d'installer le repository bioperl suivant :
bioperl : http://bioperl.org/DIST/package.xml

Voila c'est fait.

Quels autres repositories est-il conseillé d'installer?


Pour ce qui concerne la recherche BioPerl



Il n'y a donc que le premier qui soit une version améliorée.
Je vais l'installer.


Jasmine,

[djibril]

alors, voici ce que j'ai :
1) Tu vire le repository activestate
2) tu mets ça :
trouchelle_active
http://trouchelle.com/ppm/activestate/820/

3) Ajoute :
trouchelle
http://trouchelle.com/ppm/

theoryx
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/

bribes
http://www.bribes.org/perl/ppm

bioperl1
http://bioperl.org/DIST/package.xml

bioperl2
http://bioperl.org/DIST/RC/

Voilà



bioperl

[djibril]

installe le bioperl 1.5.2_100 (clique droit => install) et ensuite clique sur la fleche verte =>) en haut à droite

[Jasmine80]

Voila, j'ai bien ajouté les repositories que tu m'as conseillés et j'ai installé bioperl 1.5.2_100. Tes explications étaient très claires, merci.
Seulement j'ai un message d'erreur:

Installing 10 packages failed

ERROR: File conflict for 'C:/Perl/site/lib/Bio/AlignIO/maf.pm'.
The package bioperl-1.4 has already installed a file that package bioperl
wants to install.
bioperl unmarked for install
bioperl marked for install

WARNING: Installing bioperl-1.5.2_100 would downgrade Bio::Root::Version from version 1.4 to 1.0050021 and Bio::Tools::dpAlign from version 0.5 to 0

bioperl depends on Bundle-BioPerl-Core
bioperl depends on XML-XPath
bioperl depends on Spreadsheet-ParseExcel
bioperl depends on GD-SVG
bioperl depends on Convert-Binary-C
bioperl depends on XML-SAX-Writer
bioperl depends on Clone
bioperl depends on XML-SAX-ExpatXS
bioperl depends on IO-stringy
bioperl depends on Text-Iconv

Jasmine,

[Jedai]

Désinstalle tout ça (bioperl), puis relance l'installation.
Va falloir qu'on fasse une question dans la FAQ et un sujet dans le forum Bioinformatique...

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Jedaï

[djibril]

Désinstalle tout ça (bioperl), puis relance l'installation.
Va falloir qu'on fasse une question dans la FAQ et un sujet dans le forum Bioinformatique...

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Jedaï

Oui c'est sûr, il faut que je m'y mette

[Jasmine80]

Citation:
Jedai a écrit :
Désinstalle tout ça (bioperl), puis relance l'installation.
Va falloir qu'on fasse une question dans la FAQ et un sujet dans le forum Bioinformatique...

--
Jedaï


Oui c'est sûr, il faut que je m'y mette

Désolée, par ma faute tu vas avoir du travail en plus
Bon courage,


N'auriez-vous un bon tuto expliquant comment utiliser l'interface TK Perl Package Manager? Sinon, je vais regarder dans l'aide en ligne comment désinstaller proprement un package.
J'ai trouvé merci C:\Perl\html\index.html




Jasmine,

[djibril]

Y a pas de tuto pour le ppm (interface) car c simple => mais je prevois de le faire pour la FAQ quand j'aurais du temps
bon je vais t'expliquer :
tu as deux choix.
1) par l'interface
- tu tapes ppm => ouvert fenetre
- tu selectionne ton module (clique droit)
- tu choisis deinstallation
- clique fleche verte

2) par le shell
1) - tu tapes ppm-shell => tu auras le prompt shell
2) uninstall bioperl => desinstallera le module