Discussion :

[thierry7106]

Bonjour je suis entrain de realiser un petit programme sous perl qui recherche sur une chaine d'adn les codons stop et qui signale l'emplacement de ces codons sur la chaine. le probleme est que on ne me retourne que le 1er codon stop.
exemple si la chaine est cgtccgtauuaaccgtacugaacc
Rmq: y a deux codons stop mon prog ne me retourne que le 1er
voila mon programme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use Tk;
sub adntoarn
{
$adn=$zone_saisie -> get ( ) ;
$t="";
for ($x=0;$x<length($adn);$x=$x+1)
{
$base=substr($adn,$x,1);
$y=index($adn,$base);
$a=$y+1;
$b=$y+2;
if(($base eq "u") and (substr($adn,$a,1) eq "a") and (substr($adn,$b,1) eq "a")) 
{
$u1=index($adn,$base)+1;
$ki=("codon stop uaa en position").$u1;
}
elsif(($base eq "u") and (substr($adn,$a,1) eq "a") and (substr($adn,$b,1) eq "g"))
{
$u2=index($adn,$base)+1;
$ki=("codon stop uag en postion:").$u2;
}
elsif(($base eq "u") and (substr($adn,$a,1) eq "g") and (substr($adn,$b,1) eq "a"))
{
$u3=index($adn,$base)+1;
$ki=("codon stop uga en postion:").$u3;
}
else {next} 
}
$t=$t.("\n").$ki;
}
 
 
$fenetre = new MainWindow ( ) ;
$fenetre -> title ( "Verification codon stop") ;
 
$message = $fenetre -> Label ( -textvariable => \$t ) ;
$btn_modif = $fenetre -> Button ( -text => 'Modifier' , -command => \&adntoarn) ;
$zone_saisie = $fenetre -> Entry ( ) ;
 
$message -> pack ( ) ;
$btn_modif -> pack ( ) ;
$zone_saisie -> pack ( ) ;
 
MainLoop ( ) ;

Merci d'avance pour votre aide

[Jedai]

Utilise les balise CODE pour mettre ton code en valeur à l'avenir.
De plus ton code n'est pas indenté, tu devrais éditer ton message originel pour rétablir l'indentation (tu en profiteras pour observer ce que j'ai modifié dans ton message).
Dis-toi bien que plus ton message est lisible, plus tu as de chance que quelqu'un prenne la peine de le lire pour te donner une réponse.

--
Jedaï

[iblis]

Pardon de commencer avec ça (le modo t'as déjà fait la remarque) mais ton code est vraiment illisible. Un coup d'indentation rendrait déjà ta démarche plus claire.

A mon avis tu te compliques la tâche pour rien. Soit dit en passant as-tu vraiment besoin de Tk ? Pourquoi ne lis-tu pas ta chaîne sur la ligne de commande ? Bon, ça c'est du détail. Mais ton algorithme est plutôt tarabiscoté, non ? J'ai mis un petit moment à comprendre qu'en fait tu veux toutes les positions de trois séquences (tes "codons stop") dans une chaîne donnée.

Est-ce exact ? Bien, pourquoi n'utiliserais-tu pas l'opérateur m//g et la fonction pos ?

[iblis]

Je ne suis pas sûr que tu vois ce que je veux dire. Bon, je ne suis sûrement pas le mieux placé ici pour te montrer la voie mais voilà comment je m'y prends.

(Au fait, je te conseille de déclarer tes variables et d'utiliser le pragma use strict, cela évite les mauvaises surprises, au moins en partie).

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
## Exercice pour s'amuser à chercher toutes les positions
## (d'une séquence dans une chaîne, pas de kama-sutra)
 
use warnings;
use strict;
 
my $chaine = 'cgtccgtauuaaccgtacugaaccugaaauag';            # exemple de test, un peu modifié pour qu'il y ait plus à trouver 
# my $chaine = <>;                                          # saisie la chaine sur la ligne de commande
 while ($chaine =~ m/(uaa)|(uga)|(uag)/g) {                # cherche une des trois séquences en boucle
     if (defined (my $pos = pos $chaine)) {                   # récupère la position (du dernier caractère) de la séquence trouvée
         print $1." en pos ".($pos-2)."\n" if (defined $1);     # affiche la position correspondant au 1er critère si c'est celui-là
         print $2." en pos ".($pos-2)."\n" if (defined $2);     # affiche la position correspondant au 2nd critère si c'est celui-là
         print $3." en pos ".($pos-2)."\n" if (defined $3);
     }
     else {
         print "aucun\n";                                 # prévient si aucun codon stop n'a été trouvé
     }
 }

Mais au fait, y a pas déjà des modules qui font ça ?

[thierry7106]

MErci beaucoup iblis pour ton coup de pouce ca marche, je suis encore debutant en Perl c'est pour ca et je viens de debarquer sur le forum c'est pour ca j'ai pas mis le COde desole merci à toi aussi mr le moderateur