Discussion :

[sourie29]

bonjour

j'ai un fichier avec des séquence donc differents groupes de lignes
je veux mettre chaque groupe dans une liste
les grourpes de lignes sont ds un intervalle
comment fair poour defiinir l'intervallle
merci
julie

[vic]

Je n'ai rien compris ...
Pourrais tu essayer d'être plus claire ?

vic

[sourie29]

bonjour vic
j'ai un fichier avec des séquences ADN
c'est à dire des groupes de lignes
exemple$
>hg13_ensGene_ENST00000292304_6 range=chr1:151871203-151871427 5'pad=25 3'pad=25 revComp=FALSE strand=+ repeatMasking=none
ccccacttggtctccctctccccagGCTACGCCTGTCCCCCAGCCCTACC
TCGCAGCGCAGCCGTGGCCGTGCTTCCTCTCACTCATCCCAGACACAGGG
TGGGGGCAGCGTCACCAAAAAGCGCAAACTGGAGTCCACTGAGAGCCGCA
GCAGCTTCTCACAGCACGCACGCACTAGCGGGCGCGTGGCCGTGGAGGAG
gtggatgaggagggcaagtttgtcc
>hg13_ensGene_ENST00000292304_7 range=chr1:151872688-151872800 5'pad=25 3'pad=25 revComp=FALSE strand=+ repeatMasking=none
ggtgcgctcagtgactgtggttgagGACGACGAGGATGAGGATGGAGATG
ACCTGCTCCATCACCACCACGTGAGTGGTAGCCGCCGCtgaggccgagcc
tgcactggggcca


je veux mettre chaque séquence dans des listes

merci
julie

[vic]

Ce code devrait faire à peu près ce que tu veux :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @genes = {};
my $i = -1;
 
while (<>) {
    chop;
    if ( /^>/ ) {
        $genes[++$i]="";
        # Eventuellement récupérer ici les paramètres de la séquence
    } else {
        $genes[$i] .= uc $_;
    }
}

Le nom du fichier contenant les séquences est à passer en paramètre.

Le tableau @genes contient les séquences de bases.

vic

[sourie29]

MERCI BCP
JULIE