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Langage Perl Discussion :

[langage] mettre , des lignes d'un fichier dans une liste


Sujet :

Langage Perl

  1. #1
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    Par défaut [langage] mettre , des lignes d'un fichier dans une liste
    bonjour

    j'ai un fichier avec des séquence donc differents groupes de lignes
    je veux mettre chaque groupe dans une liste
    les grourpes de lignes sont ds un intervalle
    comment fair poour defiinir l'intervallle
    merci
    julie

  2. #2
    vic
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    Par défaut
    Je n'ai rien compris ...
    Pourrais tu essayer d'être plus claire ?

    vic

  3. #3
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    Par défaut
    bonjour vic
    j'ai un fichier avec des séquences ADN
    c'est à dire des groupes de lignes
    exemple$
    >hg13_ensGene_ENST00000292304_6 range=chr1:151871203-151871427 5'pad=25 3'pad=25 revComp=FALSE strand=+ repeatMasking=none
    ccccacttggtctccctctccccagGCTACGCCTGTCCCCCAGCCCTACC
    TCGCAGCGCAGCCGTGGCCGTGCTTCCTCTCACTCATCCCAGACACAGGG
    TGGGGGCAGCGTCACCAAAAAGCGCAAACTGGAGTCCACTGAGAGCCGCA
    GCAGCTTCTCACAGCACGCACGCACTAGCGGGCGCGTGGCCGTGGAGGAG
    gtggatgaggagggcaagtttgtcc
    >hg13_ensGene_ENST00000292304_7 range=chr1:151872688-151872800 5'pad=25 3'pad=25 revComp=FALSE strand=+ repeatMasking=none
    ggtgcgctcagtgactgtggttgagGACGACGAGGATGAGGATGGAGATG
    ACCTGCTCCATCACCACCACGTGAGTGGTAGCCGCCGCtgaggccgagcc
    tgcactggggcca


    je veux mettre chaque séquence dans des listes

    merci
    julie

  4. #4
    vic
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    Par défaut
    Ce code devrait faire à peu près ce que tu veux :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    my @genes = {};
    my $i = -1;
     
    while (<>) {
        chop;
        if ( /^>/ ) {
            $genes[++$i]="";
            # Eventuellement récupérer ici les paramètres de la séquence
        } else {
            $genes[$i] .= uc $_;
        }
    }
    Le nom du fichier contenant les séquences est à passer en paramètre.

    Le tableau @genes contient les séquences de bases.

    vic

  5. #5
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