Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


J'ai un objet

---SeqFeatures---
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Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$VAR1 = bless( {
                 '_gsf_tag_hash' => {
                                      'mol_type' => [
                                                      'genomic DNA'
                                                    ],
                                      'db_xref' => [
                                                     'taxon:1502'
                                                   ],
                                      'country' => [
                                                     'Japan:Kanagawa'
                                                   ],
                                      'strain' => [
                                                    'MC18'
                                                  ],
                                      'serotype' => [
                                                      'type C'
                                                    ],
                                      'organism' => [
                                                      'Clostridium perfringens'
                                                    ]
                                    },
                 '_source_tag' => 'EMBL/GenBank/SwissProt',
                 '_gsf_seq' => bless( {
                                        'display_id' => 'AB262081',
                                        'primary_id' => '124377416',
                                        'accession_number' => 'AB262081',
                                        '_seq_length' => '7192',
                                        '_version' => '1',
                                        'alphabet' => 'dna',
                                        'desc' => 'Clostridium perfringens gene for TpeL, complete cds.',
                                        '_root_verbose' => 0,
                                        'seq' => 'GATCTTAATGA ...GACAAGCTTT'
                                      }, 'Bio::PrimarySeq' ),
                 '_location' => bless( {
                                         '_strand' => 1,
                                         '_seqid' => 'AB262081',
                                         '_location_type' => 'EXACT',
                                         '_start' => '1',
                                         '_end' => '7192',
                                         '_root_verbose' => 0
                                       }, 'Bio::Location::Simple' ),
                 '_primary_tag' => 'source'
               }, 'Bio::SeqFeature::Generic' );

J'arrive à accéder aux valeurs

mol_type
db_xref
country
strain
serotype
organism

à l'aide de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        my @Features= $seq->get_SeqFeatures;
        for my $f (@Features)
        {
                my $PrimTag = $f->primary_tag;
                if ($PrimTag eq('source') )
                {
 
                        my @Tags = $f->get_all_tags;
                        foreach (@Tags)
                        {
                         print $_."\n";
                        }
 
                }
 
 
        }

Cela ne me donne que les valeurs du tag '_gsf_tag_hash'
Y a-t'il moyen d'arriver de façon aussi simple à accéder aux valeurs contenues dans les autres 'tags' tel que '_gsf_seq' par exemple?

J'y arrive mais c'est assez lourd

Code :

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my @Features= $seq->get_SeqFeatures;
...
my $Features = $Features[$s];  # avance block par block grâce à $s
foreach my $k (keys %$Features)
{
           if ($k eq "_gsf_seq")
           {
 
                   ...
           }
 
}

Connaissez-vous une façon plus simple?

Merci,

Jasmine,

[Gardyen]

Pourquoi ne pas utiliser les fonctions existantes ?

Voir cette page:search CPAN

ça devrait donner quelque chose du genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $start = $seq->location()->start();
my $display_id = $seq->seq()->display_id();
...

[Jasmine80]

Oui, mais on ne peut pas tous retrouver avec les fonctions existantes. Je vais me débrouiller autrement. Merci.

Jasmine,