IdentifiantMot de passe
Loading...
Mot de passe oublié ?Je m'inscris ! (gratuit)
Navigation

Inscrivez-vous gratuitement
pour pouvoir participer, suivre les réponses en temps réel, voter pour les messages, poser vos propres questions et recevoir la newsletter

Unix Discussion :

Installer bwa avec brew - no bottle available


Sujet :

Unix

  1. #1
    Nouveau Candidat au Club
    Femme Profil pro
    chercheur en biologie
    Inscrit en
    mars 2022
    Messages
    2
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Femme
    Âge : 32
    Localisation : France, Paris (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : chercheur en biologie

    Informations forums :
    Inscription : mars 2022
    Messages : 2
    Points : 1
    Points
    1
    Par défaut Installer bwa avec brew - no bottle available
    Bonjour,

    Je débute en programmation sur unix. Récemment, j'ai appris a installer des outils en utilisant wget puis make mais on m'a conseillé de plutôt utiliser brew du fait que cela installe en même temps les autres outils nécessaire à l'utilisation de l'outil que l'on souhaite installer en premier lieu (si j'ai bien compris).

    Pour l'installation de certains outils, j'ai réussi à utiliser cette command brew install sans problèmes. Mais là en essayant de l'utiliser pour installer l'outil bwa cela ne marche pas et j'obtiens ce message d'erreur suivant:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
     
    (base) ML21-0036:~ akurtis$ brew install bwa
    Running `brew update --preinstall`...
    ==> Auto-updated Homebrew!
    Updated 1 tap (homebrew/core).
    ==> Updated Formulae
    Updated 10 formulae.
     
    Error: bwa: no bottle available!
    You can try to install from source with:
      brew install --build-from-source bwa
    Please note building from source is unsupported. You will encounter build
    failures with some formulae. If you experience any issues please create pull
    requests instead of asking for help on Homebrew's GitHub, Twitter or any other
    official channels.
    J'ai également essayé de l'installer avec l'option build from source mais cela n'a pas marché non plus. Pour info je tourne sur la version Mac BigSure

    Qu'est ce que je pourrais faire pour résoudre ce problème d'installation via brew ?
    Si besoin d'autres informations, n'hésitez pas à demander (je débute sur unix, et je ne sais pas ce qui est pertinent ou pas à donner comme infos pour aider les autres à nous débloquer).

  2. #2
    Expert éminent
    Avatar de Escapetiger
    Homme Profil pro
    Administrateur système Unix - Linux
    Inscrit en
    juillet 2012
    Messages
    1 269
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 59
    Localisation : France, Hauts de Seine (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : Administrateur système Unix - Linux

    Informations forums :
    Inscription : juillet 2012
    Messages : 1 269
    Points : 9 508
    Points
    9 508
    Par défaut
    Salut,

    Il ne s'agit pas d'un Unix (mais c'est compréhensible de faire la confusion **), ton système d'exploitation est précisément macOS Big Sur ** .

    On ne connait pas encore non plus le modèle, le processeur, cependant quelques éclaircissements pour tout le monde :

    brew est une commande fournie par le gestionnaire de paquets pour macOS Homebrew :

    https://brew.sh/index_fr (Le gestionnaire de paquets pour macOS — Homebrew)

    https://geekflare.com/fr/homebrew-intro-installing/ (Qu'est-ce que Homebrew et comment installer sur MacOS ? - Geekflare)


    bwa * est une application spécifique de ton secteur d'activité et on trouve en anglais un mode opératoire pour l'installer sur un M1 Mac (à vérifier chez toi) :

    « How to install bwa for DNA sequencing on a M1 Mac. The regular make routine must be modified for the newer non-Intel Macs. I found some guidance and reference to them here and also provide the commands that I found worked well to get bwa installed on an M1 Mac running Big Sur. The routine install information for bwa works fine on an Intel Mac, in a typical bash terminal window with:

    (.../...)

    Step 1: Install Homebrew and then wget NDLR (ça, tu l'as déja fait)

    Step-2 Install bwa on your M1 Mac

    »

    Source : GitHub - kpmitton/bwa_install_M1_MacOS_2022: How to install bwa for DNA sequencing on a M1 Mac. The regular make routine must be modified for the newer non-Intel Macs
    Kenneth P. Mitton, Ph.D. FARVO Eye Research Institute Oakland University Pediatric Retinal Research Laboratory Rochester, Michigan

    [Edit]
    Il se peut qu"il n'y ait pas de .bash_profile chez toi, dans ce cas voir ci après :

    [zsh] Créer un alias persistent - Shell et commandes POSIX

    * [Edit 2]
    BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome.
    Burrows-Wheeler Aligner (http://bio-bwa.sourceforge.net/)

    ** [Edit 3] Mea culpa
    • macOS Big Sur
    • Famille macOS (type UNIX)
    • Langues Multilingue
    • Type de noyau Noyau hybride (XNU)
    • État du projet Distribué
    • Plates-formes x86-64, ARMv8

    &
    « macOS est le successeur du système Mac OS, principal système d'exploitation d'Apple depuis 1984. Contrairement à ses prédécesseurs, macOS fait partie de la famille des systèmes d'exploitation UNIX, fondé sur les technologies développées par NeXT depuis le milieu des années 1980 jusqu'au rachat de la société par Apple en 1997 (.../...)
    »
    Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/MacOS
    « Developpez.com est un groupe international de bénévoles dont la motivation est l'entraide au sens large » (incl. forums developpez.net)
    Club des professionnels en informatique

  3. #3
    Nouveau Candidat au Club
    Femme Profil pro
    chercheur en biologie
    Inscrit en
    mars 2022
    Messages
    2
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Femme
    Âge : 32
    Localisation : France, Paris (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : chercheur en biologie

    Informations forums :
    Inscription : mars 2022
    Messages : 2
    Points : 1
    Points
    1
    Par défaut
    Bonjour,

    Merci beaucoup pour votre réponse.

    J'ai finalement réussi à installer bwa en suivant le step 2 avec quelques modifications que j'ai dues apporter (voir ci dessous).

    Néanmoins j'aurais aimé pouvoir l'installer via la commande brew qu'on m'a conseillée d'utiliser. Mes collègues ont réussi à l'installer via cette commande, sans le message d'erreur que j'obtiens, sur leur Mac (pour certains ils ont dû faire des ajustement avant, mais aucune de leurs commandes n'a marché sur mon Mac). Si vous avez d'autres pistes ?

    Sinon j'avais une question par rapport aux paths car j'ai dû faire quelques modifications pour que la méthode que vous m'avez envoyée puisse marcher et j'aimerai comprendre pourquoi. Tout a bien marché jusqu'à l'étape qui ne m'a rien envoyé (j'avais bien édité mon fichier .bash_profil pour ajouter le path de bwa).

    Pour que cela marche, j'ai du copier le fichier bwa executable dans un dossier appelé my_bin que j'ai créé précédemment et où j'ai copié d'autres fichiers executables que j'ai installés. Je ne comprend pas pourquoi je dois le faire pour tous les fichiers alors que lorsque je fais je vois bien le chemin du fichier bwa (voir ci dessous ligne 7). Du coup pourriez vous m'expliquer un peu plus le principe des path pour que je comprenne mieux comment ça marche.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
     
    (base) ML21-0036:bwa akurtis$ echo "${PATH//:/$'\n'}"
    /Users/akurtis/opt/anaconda3/bin
    /Users/akurtis/opt/anaconda3/condabin
    /opt/homebrew/bin
    /opt/homebrew/sbin
    /Users/akurtis/Applications/bwa
    /usr/local/bin
    /usr/bin
    /bin
    /usr/sbin
    /sbin
    /usr/local/ncbi/blast/bin
    /Library/TeX/texbin
    /opt/X11/bin
    /Users/akurtis/my_bin
    Si besoin d'autres infos concernant mon Mac:

    MacBook Pro (13-inch, M1, 2020)
    Puce: Apple M1
    Memoire: 8Go

Discussions similaires

  1. Install TOra avec PgSQL
    Par ange dans le forum PostgreSQL
    Réponses: 1
    Dernier message: 22/03/2004, 12h09
  2. [INSTALLATION] JBUILDER avec JBOSS
    Par drikech dans le forum JBuilder
    Réponses: 3
    Dernier message: 18/01/2004, 14h01
  3. installation php avec option --with-pgsql: marche pô.
    Par phil25 dans le forum Requêtes
    Réponses: 3
    Dernier message: 02/01/2004, 15h59
  4. [GTK]instal devPack avec dev c++
    Par FreshVic dans le forum Autres éditeurs
    Réponses: 8
    Dernier message: 15/04/2003, 16h48
  5. [] [Install] Setup avec Wise
    Par pepper dans le forum Installation, Déploiement et Sécurité
    Réponses: 3
    Dernier message: 08/04/2003, 17h51

Partager

Partager
  • Envoyer la discussion sur Viadeo
  • Envoyer la discussion sur Twitter
  • Envoyer la discussion sur Google
  • Envoyer la discussion sur Facebook
  • Envoyer la discussion sur Digg
  • Envoyer la discussion sur Delicious
  • Envoyer la discussion sur MySpace
  • Envoyer la discussion sur Yahoo