Discussion :

[Aurelia55]

Bonjour,

Je débute en programmation sur unix. Récemment, j'ai appris a installer des outils en utilisant wget puis make mais on m'a conseillé de plutôt utiliser brew du fait que cela installe en même temps les autres outils nécessaire à l'utilisation de l'outil que l'on souhaite installer en premier lieu (si j'ai bien compris).

Pour l'installation de certains outils, j'ai réussi à utiliser cette command brew install sans problèmes. Mais là en essayant de l'utiliser pour installer l'outil bwa cela ne marche pas et j'obtiens ce message d'erreur suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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(base) ML21-0036:~ akurtis$ brew install bwa
Running `brew update --preinstall`...
==> Auto-updated Homebrew!
Updated 1 tap (homebrew/core).
==> Updated Formulae
Updated 10 formulae.
 
Error: bwa: no bottle available!
You can try to install from source with:
  brew install --build-from-source bwa
Please note building from source is unsupported. You will encounter build
failures with some formulae. If you experience any issues please create pull
requests instead of asking for help on Homebrew's GitHub, Twitter or any other
official channels.

J'ai également essayé de l'installer avec l'option build from source mais cela n'a pas marché non plus. Pour info je tourne sur la version Mac BigSure

Qu'est ce que je pourrais faire pour résoudre ce problème d'installation via brew ?
Si besoin d'autres informations, n'hésitez pas à demander (je débute sur unix, et je ne sais pas ce qui est pertinent ou pas à donner comme infos pour aider les autres à nous débloquer).

[Escapetiger]

Salut,

Il ne s'agit pas d'un Unix (mais c'est compréhensible de faire la confusion **), ton système d'exploitation est précisément macOS Big Sur ** .

On ne connait pas encore non plus le modèle, le processeur, cependant quelques éclaircissements pour tout le monde :

brew est une commande fournie par le gestionnaire de paquets pour macOS Homebrew :

https://brew.sh/index_fr (Le gestionnaire de paquets pour macOS — Homebrew)

https://geekflare.com/fr/homebrew-intro-installing/ (Qu'est-ce que Homebrew et comment installer sur MacOS ? - Geekflare)


bwa * est une application spécifique de ton secteur d'activité et on trouve en anglais un mode opératoire pour l'installer sur un M1 Mac (à vérifier chez toi) :

« How to install bwa for DNA sequencing on a M1 Mac. The regular make routine must be modified for the newer non-Intel Macs. I found some guidance and reference to them here and also provide the commands that I found worked well to get bwa installed on an M1 Mac running Big Sur. The routine install information for bwa works fine on an Intel Mac, in a typical bash terminal window with:

(.../...)

Step 1: Install Homebrew and then wget NDLR (ça, tu l'as déja fait)

Step-2 Install bwa on your M1 Mac

»

Source : GitHub - kpmitton/bwa_install_M1_MacOS_2022: How to install bwa for DNA sequencing on a M1 Mac. The regular make routine must be modified for the newer non-Intel Macs
Kenneth P. Mitton, Ph.D. FARVO Eye Research Institute Oakland University Pediatric Retinal Research Laboratory Rochester, Michigan

[Edit]
Il se peut qu"il n'y ait pas de .bash_profile chez toi, dans ce cas voir ci après :

[zsh] Créer un alias persistent - Shell et commandes POSIX

* [Edit 2]
BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome.
Burrows-Wheeler Aligner (http://bio-bwa.sourceforge.net/)

** [Edit 3] Mea culpa

• macOS Big Sur
• Famille macOS (type UNIX)
• Langues Multilingue
• Type de noyau Noyau hybride (XNU)
• État du projet Distribué
• Plates-formes x86-64, ARMv8

&
« macOS est le successeur du système Mac OS, principal système d'exploitation d'Apple depuis 1984. Contrairement à ses prédécesseurs, macOS fait partie de la famille des systèmes d'exploitation UNIX, fondé sur les technologies développées par NeXT depuis le milieu des années 1980 jusqu'au rachat de la société par Apple en 1997 (.../...)
»
Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/MacOS

[Aurelia55]

Bonjour,

Merci beaucoup pour votre réponse.

J'ai finalement réussi à installer bwa en suivant le step 2 avec quelques modifications que j'ai dues apporter (voir ci dessous).

Néanmoins j'aurais aimé pouvoir l'installer via la commande brew qu'on m'a conseillée d'utiliser. Mes collègues ont réussi à l'installer via cette commande, sans le message d'erreur que j'obtiens, sur leur Mac (pour certains ils ont dû faire des ajustement avant, mais aucune de leurs commandes n'a marché sur mon Mac). Si vous avez d'autres pistes ?

Sinon j'avais une question par rapport aux paths car j'ai dû faire quelques modifications pour que la méthode que vous m'avez envoyée puisse marcher et j'aimerai comprendre pourquoi. Tout a bien marché jusqu'à l'étape

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

which bwa

qui ne m'a rien envoyé (j'avais bien édité mon fichier .bash_profil pour ajouter le path de bwa).

Pour que cela marche, j'ai du copier le fichier bwa executable dans un dossier appelé my_bin que j'ai créé précédemment et où j'ai copié d'autres fichiers executables que j'ai installés. Je ne comprend pas pourquoi je dois le faire pour tous les fichiers alors que lorsque je fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo $PATH

je vois bien le chemin du fichier bwa (voir ci dessous ligne 7). Du coup pourriez vous m'expliquer un peu plus le principe des path pour que je comprenne mieux comment ça marche.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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(base) ML21-0036:bwa akurtis$ echo "${PATH//:/$'\n'}"
/Users/akurtis/opt/anaconda3/bin
/Users/akurtis/opt/anaconda3/condabin
/opt/homebrew/bin
/opt/homebrew/sbin
/Users/akurtis/Applications/bwa
/usr/local/bin
/usr/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin
/usr/local/ncbi/blast/bin
/Library/TeX/texbin
/opt/X11/bin
/Users/akurtis/my_bin

Si besoin d'autres infos concernant mon Mac:

MacBook Pro (13-inch, M1, 2020)
Puce: Apple M1
Memoire: 8Go