Discussion :

[Aline Davaud]

Bonjour,

J'ai un soucis concernant l'ouverture d'un fichier TSV.
J'utilise la commande suivante

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 fichier=read.table("nom_du_fichier.tsv", sep="\t", header=TRUE, fill=TRUE)

Mais la ligne d'entête correspond à la deuxième ligne de mon fichier et non à la première. C'est la première fois que cela m'arrive.
Quelqu'un aurait une idée d'où pourrait provenir ce problème ?

Merci d'avance pour votre aide

Aline

[olivier.decourt]

Bonjour Aline.
Essaye en ajoutant l'option skip=1 à ton read.table.

[Aline Davaud]

Bonjour,

Merci pour votre réponse mais cela n'a pas marché. Je m'en suis sortie en renommant mes colonnes mais si vous ou quelqu'un d'autre a une idée, je suis preneuse.

Sinon j'ai rencontré un autre problème similaire lors de l'ouverture d'un autre fichier: absence de ma première colonne et noms des colonnes décalé. En gros ma première variable a disparue et ensuite le nom de la deuxième variable (première dans le fichier) correspond au nom de ma première variable (absente dans le fichier). Je n'ai pas encore réussi à régler ce problème.
Une idée pour résoudre ce deuxième problème ?

Merci d'avance,

Aline

[olivier.decourt]

Désolé que skip n'ait pas résolu le problème. Sur mes tests ça fonctionnait.

Pour le second problème on peut toujours procéder en plusieurs étapes :
a) importer dans un premier data.frame la ligne d'en-tête uniquement, en indiquant header=FALSE et nrows=1
b) convertir le data.frame obtenu en vecteur avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

as.character(en_tete[1,])

où en_tete est le data.frame créé à l'étape a
c) ajouter le nom manquant au début du vecteur créé à l'étape b
d) importer les données avec header=FALSE et skip=1
e) changer les noms avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

colnames(donnees) <- noms

où donnees est le data.frame de l'étape d et noms le vecteur des étapes b et c.

[Aline Davaud]

je vous remercie, je vais essayer cette idée

Aline