Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

J'ai un tableau ne contenant que des 1 et 0. Il est possible d'avoir 2 fois le même éléments. Dans ce cas, je souhaiterai n'avoir l'élément qu'une seule fois et faire la somme de chaque colonne et remplacer quand la somme de la colonne est égale à 2 le résultat par 1. Mon souci est dans le calcul de la somme de chaque colonne.
Si vous pouvez m'aider merci

gene1 1 0 1
gene2 0 1 1
gene3 1 1 0
gene1 0 0 1

intermédiare
gene1 1 0 2
gene2 0 1 1
gene3 1 1 0
gene1 0 0 1

final
gene1 1 0 1
gene2 0 1 1
gene3 1 1 0

Voiçi mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
 
my %data;
my $i=0;
my $j=0;
 
 
while(my $ligne = <$fh>){
	$i++;
	chomp $ligne;
	if($ligne =~ /gene.*/){
		$j++;
		my ($gene,$champ1,$champ2,$champ3) = split "\t", $ligne;
		my $element =$champ1."\t".$champ2."\t".$champ3;
		push @{$data{$gene}}, [$element];
 
	}
 
}
 
for my $id (keys %data) {
	my @array = @{$data{$id}};
	$data{$id} = \@array;
}
print Dumper \%data;
 
 
for my $id (keys %data) {
	print "--$id\n";	
	my @array = @{$data{$id}};
	for my $pair (@array) {		
		print ("\tstart : $pair->[0]\n");
 
 
		#faire la somme de chaque colonne et quand la somme de la colonne est égale à 2 mettre 1
		my @hit = split("\t",$pair->[0]);
	}
}
 
close($fh);

[pontarose]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n";
 
my %data;
my $i=0;
my $j=0;
 
 
while(my $ligne = <$fh>){
	$i++;
	chomp $ligne;
	if($ligne =~ /gene.*/){
		$j++;
		my ($gene,$champ1,$champ2,$champ3) = split "\t", $ligne;
		my $element =$champ1."\t".$champ2."\t".$champ3;
		push @{$data{$gene}}, [$element];
 
	}
 
}
 
for my $id (keys %data) {
	my @array = @{$data{$id}};
	$data{$id} = \@array;
}
print Dumper \%data;
 
 
for my $id (keys %data) {
	print "--$id\n";	
        my @tableau=();
	my @array = @{$data{$id}};
	for my $pair (@array) {		
		#print ("\tstart : $pair->[0]\n");
 
		#faire la somme de chaque colonne et quand la somme de la colonne est égale à 2 mettre 1
		my @hit = split("\t",$pair->[0]);
                for (my $m = 0; $m < @hit ; $m++) {
			print "colonne $m - valeur $hit[$m] \n";
                        $tableau[$m]=$hit[$m];
                        $tableau[$m]=$hit[$m];
                        $tableau[$m]=$hit[$m];
 
 
		}
	}
}
 
close($fh);

J'obtiens ceci, mais je bloque pour bloquer sur chaque colonne !
--gene1
colonne 0 - valeur 1
colonne 1 - valeur 1
colonne 2 - valeur 0
--gene2
colonne 0 - valeur 0
colonne 1 - valeur 1
colonne 2 - valeur 1
--gene1
colonne 0 - valeur 1
colonne 1 - valeur 0
colonne 2 - valeur 1
colonne 0 - valeur 0
colonne 1 - valeur 0
colonne 2 - valeur 1

[olivier1969]

Hello ,

Un truc comme ça ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@fh = ('gene1 1 0 1',
       'gene2 0 1 1',
       'gene3 1 1 0',
       'gene1 0 0 1') ;
 
 
sub maxi {
       ($ch1, $ch2) = @_ ;
       if ( $ch1 > $ch2 ) {
              return $ch1;
       }
       else {
              return $ch2;
       }
}
 
 
%data = () ;
foreach (@fh) {
       if($_ =~ /gene.*/){
           ($gene,$champ1,$champ2,$champ3) = split /\s+|\t+/, $_;
           print"$gene,$champ1,$champ2,$champ3" . "\n";
           if (exists($data{$gene})) {
                  ($ch1,$ch2,$ch3) = split /,/, $data{$gene}  ;
                  $data{$gene} = join( ',' , ( maxi($ch1,$champ1), maxi($ch2,$champ2), maxi($ch3,$champ3)) ) ;
            }
            else {
                  $data{$gene} =  join( ',', ($champ1,$champ2,$champ3 ));
           }
       }
}

[Puppet_Master]

Bonjour.

Ou encore un truc comme ça:

Code perl :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Modern::Perl;
use Data::Printer;
 
my $DEBUG = 0;
 
# data modele
my @t = (
  'gene1 1 0 1',
  'gene2 0 1 1',
  'gene3 1 1 0',
  'gene1 0 0 1',
  'gene1 1 0 1',
  'gene2 0 1 1',
  'gene3 1 1 0',
  'gene4 0 0 1',
);
say 'Data input:';
p @t;
 
# réorganisation des data
# clef_gene => [[]]
my $lst_data;
foreach my $i (@t) {
  my ($entt, @l) = split / /, $i;
  push $lst_data->{$entt}->@*, \@l;
}
p $lst_data if $DEBUG;
 
# traitement
my $res;
foreach my $i (keys $lst_data->%*) # pour chaque clef gene*
{ 
    # test nombre d'occurence  
    if ( scalar($lst_data->{$i}->@*) == 1 ) 
    {
      push $res->@*, $i.' '.join( ' ', $lst_data->{$i}->[0]->@*);
    }
    else
    {
      my $t = merge_tab($lst_data->{$i}->[0], $lst_data->{$i}->[1]);
 
      # cas ou plus d'un doublon
      if ( scalar($lst_data->{$i}->@*) > 2 ) {
        foreach my $j ( 2..(scalar($lst_data->{$i}->@*)-1)) {
          $t = merge_tab($t, $lst_data->{$i}->[$j]);
        }
      }
 
      # ajoute la ligne de gene
      push $res->@*, $i.' '.join( ' ', $t->@*);
    }
}
say "\nData output: ";
p $res->@*;
 
# fusion de 2 tableaux 
# my $ref_ary = merge_tab( \@tab1, \@tab2 );
sub merge_tab
{
    my $t1 = shift;
    my $t2 = shift;
    my $t3;
    foreach my $i (0..(scalar($t1->@*)-1)) {
        push $t3->@*, ($t1->[$i] + $t2->[$i]) >= 1 ? 1 : 0; 
    }
    $t3;
}

Sortie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Data input:
[
    [0] "gene1 1 0 1",
    [1] "gene2 0 1 1",
    [2] "gene3 1 1 0",
    [3] "gene1 0 0 1",
    [4] "gene1 1 0 1",
    [5] "gene2 0 1 1",
    [6] "gene3 1 1 0",
    [7] "gene4 0 0 1"
]
 
Data output: 
[
    [0] "gene2 0 1 1",
    [1] "gene3 1 1 0",
    [2] "gene1 1 0 1",
    [3] "gene4 0 0 1"
]

[CosmoKnacki]

À peu près la même idée qu'olivier1969, mais en utilisant l'opérateur sur les bits | (OR) à la place de la fonction maxi:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
my $fichier = 'gene.txt';
 
open my $fh, '<', $fichier
    or die "impossible de lire le fichier $fichier\n";
 
my @order;  # pour garder le même ordre
my %records; # pour stocker les valeurs
 
while (<$fh>) {
    chomp;
    my ($key, @values) = split;
 
    if ( exists $records{$key} ) {
        $records{$key}[$_] |= $values[$_] for (0 .. $#values);
        next;
    }
 
    push @order, $key;
    $records{$key} = \@values;
}
 
print join(" ", $_, @{$records{$_}}), "\n" for @order;

(Le script est indépendant du nombre de colonnes)

[Puppet_Master]

Très bonne idée d'utiliser l'opérateur '|'. Cette solution semble la plus adapté à la description du problème.