Bonjour,
Je cherche à faire une distribution normale sur des données censurées en utilisant la fonction fitdistcens. Mon jeu de donnée corresponds à des valeurs de pH où il y a croissance ou non-croissance bactérienne. J'ai trois répétition pour les pH de croissance/non-croissance pour toutes les bactéries. Et finalement, je recherche quel est le pH "vrai" de croissance et de non-croissance.
Example de données :
Non-croissance à pH :
- essai 1 : 4,47
- essai 2 : NA (pas de borne)
- essai 3 : 4.44
Croissance à pH :
- essai 1 : 4.50
- essai 2 : 4.50
- essai 3 : 4.51
Voici le script que j'utilise :
Cependant, R m'affiche un message d'erreur :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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17 library(fitdistrplus) # left : valeur limite NC observée # right : valeur limite de croissance observée #souche 1 left=c(4.47,NA,4.44) right=c(4.50,4.50,4.51) data.log10C = data.frame(left,right) fit.log10C = fitdistcens(data.log10C, "norm") fitdistcens(data.log10C,"norm") summary(data.log10C) plot(fit.log10C)
Pouvez-vous m'aider s'il vous plait ?<simpleError in optim(par = vstart, fn = fnobjcens, fix.arg = fix.arg, gr = gradient, rcens = rcens, lcens = lcens, icens = icens, ncens = ncens, ddistnam = ddistname, pdistnam = pdistname, hessian = TRUE, method = meth, lower = lower, upper = upper, ...): non-finite finite-difference value [2]>
Error in fitdistcens(data.log10C, "logis") :
the function mle failed to estimate the parameters,
with the error code 100
Merci
Bonne journée
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