Discussion :

[Augustin Soulard]

Bonjour,

Tout est dans le titre, j'ai besoin de compter le nombre de phytoplancton présent dans une image. J'ai utilisé le package "png" qui me permet d'ouvrir l'image sous forme d'un "Large array" qui comprend un tableau avec chaque pixel représantant une case dans laquel les valeurs RVB sont représentées.

Mon idée aurait était de scanner sur une seule couleur l'image et de faire un histograme représantant le nombre de pixel de chaque nuance pour cette couleur donnée. Ainsi je pourrais isolé les différents espèces en fonction du seuil de la couleur. Cependant, je n'ai pas d'idée de comment réaliser cela sous R. Et il faut aussi que je connaisse la taille moyenne en pixel d'une cellule pour faire le rapport pixel totale / pixel d'une cellule me donnant alors le nombre moyen de cellule.

Si je n'ai pas était clair, je peux réexpliquer autrement

Voilà voilà si quelqu'un à des idées ? Même autrement que ma méthode, par exemple via du machine learning ? Je suis preneur...

[Canvas]

Bonsoir,

Je ne sais pas si cela peut aider mais c'est assez proche du cell counting utilisé en biologie dont voici un exemple.

[Augustin Soulard]

Salut, merci pour l'info, ça à l'air super sympa, mais j'y ai passé toute ma matiné et impossible de faire fonctionner le script... :/