Discussion :

[marjo92blabla]

Bonjour,

Dans le but de tracer une courbe ROC j'ai créé des modèles logistiques sous R et des fonctions prédictives mais cela ne fonctionne pas comme cela devrait ... Voilà mon code:
Avec urine$r = la présence de cristaux dans l'urine (factor) => 0 ou 1.

Code :

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#Réponse simple
 
levels(urine$r)=c("sain","cas" )
urine$r=factor(urine$r)
 
modele.logistique.simple=glm(u rine$r~urine$ph,data=urine,fam ily=binomial(logit))
summary(modele.logistique.simp le)
 
tableau.simple=data.frame(exp( coef(modele.logistique.simple) )) #Odds ratio
head(tableau.simple)

Code :

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#Analyse multifactorielle
 
modele.logistique.complet=glm( urine$r~.,data=urine,family=bi nomial(logit))
summary(modele.logistique.comp let)
 
tableau.complet=data.frame(exp (coef(modele.logistique.comple t)))
head(tableau.complet)

Code :

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#Représentation de la courbe ROC
 
prediction.cristaux1=predict(m odele.logistique.complet,urine ,type="response")
head(prediction.cristaux1)
 
prediction.cristaux2=predict(m odele.logistique.simple,urine, type="response")
head(prediction.cristaux2)
 
prevision=prediction.cristaux1 >0
cas=urine$r == "cas"
table(prevision,cas)
 
 
library(pROC)
roc1=roc(urine$r,prediction.cr istaux1,plot=F,levels=c("sain" ,"cas"),direction="<")
roc2=roc(urine$r,prediction.cr istaux2,plot=F,levels=c("sain" ,"cas"),direction="<",add=T )

Plusieurs erreurs/ phénomènes observés:

Code :

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NA 0.24944260 0.07230467 0.09192321 0.04960820 0.48561495 #Prédiction du modèle complet
 
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0.5191161 0.4522606 0.3400575 0.4707175 0.3909223 0.4900618 #Prédiction du modèle simple

Ici ce qui me parait étrange c'est qu'aucune des valeurs prédictives ne soient supérieurs à 1, que ce soit pour le modèle simple ou complet qu'en pensez-vous ?

cas
prevision FALSE
TRUE 77

Ici je devrais avoir la matrice de confusion au delà du seuil 0 pour urine$r or ça ne marche pas du tout ... je devrais avoir 2 colonnes et 2 lignes ...

Error in roc.default(urine$r, cristaux1, plot = F, levels = c("sain", : No control observation.

Ma courbe de ROC ne s'affiche pas avec la fonction pROC() mais avec ROCR() je l’obtiens, seulement j'aimerai que ça marche avec pROC().

Pourriez-vous me dire ce que vous en pensez ? / M'aider là où j'ai fait des erreurs parce que j'ai beau retourner le problème dans tous les sens je ne vois pas...

[olivier.decourt]

Les valeurs renvoyées par predict(..., type="response") sont des probabilités que l'évènement survienne. Donc c'est logique qu'elles soient entre 0 et 1. C'est pour ça que ta condition > 0 renvoie TRUE tout le temps.