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R Discussion :

Calculer et afficher des valeurs sur un boxplot ggplot


Sujet :

R

  1. #1
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    Par défaut Calculer et afficher des valeurs sur un boxplot ggplot
    Bonjour,

    Je souhaite afficher des valeurs sur mon boxplot mais je ne comprend pas pourquoi le résultat du calcul est faux :

    Mon dataframe "DFacte" comporte :
    -une colonne "Num_etablissement" qui est le numéro d'un établissement : 1;2;3;4;...
    -une colonne "Type_etablissement" qui est une variable catégorielle : "CHU"; "CH"; "Privé"...
    -une colonne "PDS" qui est une variable numérique continue

    Ce qui donne ça par exemple:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Num_etablissement <- rep ( c(1,2,3),3)
    Type_etablissement <- rep ( c("CH","CHU","CH"),3)
    PDS <-rnorm(9, mean=5, sd= 1.2)
     
    DFacte <- data.frame(Num_etablissement,Type_etablissement,PDS)
    Je défini ma fonction qui permet d'inscrire le nombre de valeurs utilisé sous chaque boxplot (cette fonction fonctionne parfaitement :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    n_fun <- function(x)  {
        return(data.frame (y=-5, label=paste0("n=",length(x)))) }
    Je défini ma deuxième fonction qui doit me permettre d'écrire le nombre d'établissement différent utilisé sous chaque boxplot (c'est là que ça ne marche pas, ça me donne 0 pour tous les résultats - je ne vois pas où est mon erreur) :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    n_fun2 <- function(x)  {
        return(data.frame (y=-10, label=paste0("centres=", length(unique(DFacte$Num_etablissement[DFacte$Type_etablissement=="x"] )) ))) }
    Je créé mon boxplot :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    ggplot(DFacte)  +
    aes(x=Type_etablissement,y=PDS)+
    geom_boxplot(alpha=0.7)+
    stat_summary(fun.data=n_fun, geom="text")+
    stat_summary(fun.data=n_fun2, geom="text")
    qui me donne centres = 0 pour mes 2 boxplot au lieu de centres=2 pour le CH et centres=1 pour le CHU:

    Nom : Capture.PNG
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  2. #2
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    Bonjour.
    Dans le code de ta fonction n_fun2, le x n'a pas à être entre guillemets. Si tu fais des tests avec n_fun2("CHU"), tu verras que tu obtiens 0 en laissant "x" mais le bon comptage avec un simple x dans [DFacte$Type_etablissement==x].
    Mais en plus de ça, la fonction n_fun2 même corrigée ne fonctionnera pas dans ggplot car le lien avec l'esthétique x ne se fera pas.
    Je pense que le plus simple serait de préparer un second data.frame avec les statistiques à afficher, et de le proposer comme données aux géométries de texte.
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    DFacte2 <- DFacte %>% 
                  group_by(Type_etablissement) %>% 
                  summarise(n=n(),
                            centres=length(unique(Num_etablissement))) %>% 
                  mutate(texte1 = paste0("n=",n),
                         texte2 = paste0("centres=",centres))
     
    ggplot(DFacte)  +
      aes(x=Type_etablissement,y=PDS)+
      geom_boxplot(alpha=0.7)+
      geom_text(data=DFacte2,
                aes(y=-5, label=texte1))+
      geom_text(data=DFacte2,
                aes(y=-10, label=texte2))
    Bon courage.
    Olivier

  3. #3
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    Merci Olivier, c'est une excellente solution !
    Bonne journée

    Matou

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