Discussion :

[Amniote]

Bonjour,

j'ai les données suivantes:

Clostridium occurence virus	Clostridium Groupes orthologues
53	1
61	1
98	1
3	196
83	1
44	1
91	1
42	1
46	1
11	22
45	2
7	28
12	7
4	106
2	531
6	43
37	1
1	2196
16	8
18	2
56	1
66	1
32	2
34	2
5	87
20	4
13	9
21	2
14	8
48	1
8	31
35	1
15	5
29	2
33	2
31	3
23	3
19	4
39	1
10	16
22	1
26	4
17	2
24	2
28	1
9	13
30	1
25	1

et j'essai de représenter ces données sous forme d'histogramme sans succès...

Voici mon code R actuel :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(openxlsx)
library(ggplot2)
 
OrthoClostridium=read.xlsx("D:/Cours/Graphes/Projet R/Clostridium orthologues.xlsx")
 
ggplot(OrthoClostridium) +
  aes(x = Clostridium.occurence.virus) +
  geom_histogram(fill ="red", colour = "black") +
  ggtitle("Conservation des groupes d'orthologues chez le genre Clostridium") +
  xlab("Occurence virus") +
  ylab("Groupes d'orthologues")+
  xlim(c(0,100))+
  ylim(c(0,10))

et j'obtiens cela :



Comme vous pouvez le constater dans les données, j'ai 2196 groupes d'orthologues contenant 1 virus...alors que dans mon graphiques les barres ne vont pas plus haut que environ 4...

Pouvez vous m'aider à construire un histogramme convenable pour représenter ces données svp ?

Merci à vous

[olivier.decourt]

Bonjour.
Essaye d'ajouter un rôle weight dans aes, pour tes comptages. Par défaut, geom_histogram se base sur les nombres de lignes du data.frame.