Discussion :

[Amniote]

Bonjour à tous,

J'ai les données suivantes :



Il faudrait que je réunisse les différents segments des virus segmentés en une seule ligne par virus en faisant la somme de leur taille, la moyenne pondérée de leur GC %, etc...
Pour ce qui est des données de type string, soit j'ajoute les données dans une seule case si les données sont différentes entre les lignes
Soit elles sont identiques et dans ce cas je met simplement les données normalement

Par exemple les lignes 1 8 et 14 ont les mêmes noms, donc il faudrait que j'obtienne à la fin :


Locus

NC_003299,NC_003300,NC_003301
(les données sont différentes donc j'accumule)


Name

Pseudomonas phage phi8
(données identiques donc pas besoin d'ajouter)


Length

14984
(7051+4741+3192)

ect...


Voilà, j'espère avoir été assez compréhensible...

Merci d'avance !

[xavier-Pierre]

bonsoir, le code suivant regroupe les enregistrements suivant Name,les colonnes numériques sont sommées , les colonnes caractères sont concaténées

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
## soit df ton dataframe
library(tidyverse)
resultat <- df %>% group_by(Name) %>% 
  summarise_all(funs(if(is.numeric(.))sum(.) else str_c(unique(.),collapse="_")))

cdlt

[Amniote]

bonsoir, le code suivant regroupe les enregistrements suivant Name,les colonnes numériques sont sommées , les colonnes caractères sont concaténées

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
## soit df ton dataframe
library(tidyverse)
resultat <- df %>% group_by(Name) %>% 
  summarise_all(funs(if(is.numeric(.))sum(.) else str_c(unique(.),collapse="_")))

cdlt

Merci beaucoup pour cette réponse !

Juste un petit détail, pour la colonne 'GC', il faudrait que je fasse une moyenne (et non la somme) des valeurs numériques pour les virus de même nom.
Comment ajouter cela ?

Merci encore !

[xavier-Pierre]

à tester

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
## soit df ton dataframe
library(tidyverse)
resultat <- df %>% group_by(Name) %>% 
  summarise_all(funs(if(. == GC) mean(.) else if(is.numeric(.)) sum(.) else str_c(unique(.),collapse="_")))

[Amniote]

Cela fonctionne, merci beaucoup !