Discussion :

[H2Oriz0n]

Bonjour/Bonsoir !

Je suis actuellement en 2ème année de pharmacie et attiré par tout ce qui touche à la bio-informatique concernant la recherche médicaments, in silico et drug design.

Le cursus pharmacie permet de se diriger vers des masters sur le thème à partir de la 4e année. J’ai pu trouver beaucoup d’informations sur les possibilités de formation ainsi que d’éventuels interlocuteurs pour en savoir davantage.

Mes interrogations se trouvent plutôt sur ce que je pourrais envisager maintenant, avant le master. La bio-informatique est si large et c’est pour l’instant quelque chose de très abstrait pour moi. J’aimerais bien avoir la possibilité de toucher un peu au domaine (histoire de confirmer l’attirance, ne pas m’en faire une idée « je pense que… » et d’enrichir mon dossier pour postuler dans les masters) mais je ne sais pas trop comment m’y prendre. J’ai songé à :

-me familiariser avec l’informatique et avec les MOOC (logiciels, compétences de base), qui n’est pas enseigné dans les études de santé
-trouver des formations universitaires en 1 an qui pourraient passer pour une « gap year » (année de césure) dans le domaine de l’info ou la biochimie (les deux ensembles c’est mieux), pour avoir le bénéfice de faire autre chose que dans mon cursus principal, sans rupture non plus dans la scolarité
-trouver des formations diplômantes en ligne que je pourrais mener en parallèle pour me familiariser avec des notions (les fameuses formations à distance ? je me suis intéressé aux procédures administratives et cherché des orientations mais sans trop de succès)

Ces pistes sont vagues et après des recherches je n’ai pas trouvé quelque chose de compatible avec mes études principales (avant le master), à part peut-être les summer schools qui sont ouvertes aussi aux étudiants que je vais probablement tenter.

Auriez-vous des conseils ou des pistes à proposer dans ma démarche ? Je suis peut-être trop « pressé » mais je pense que s’y prendre tout de suite me sera bénéfique plus tard, étant un jeune étudiant je m’y prends aussi peut-être mal dans ma démarche de recherche (n'hésitez pas à me rediriger vers des forums, des contacts plus appropriés, etc)… tous les avis sont les bienvenues !

Même une petite contribution pourra sans doute débloquer mon cheminement Je vous remercie d’avance !

[Pierre Louis Chevalier]

Tu peux te former en autodidacte, ici même : 14 000 cours et tutoriels gratuits en informatique.

Pour la bio informatique le mieux serait de commencer par des cours d'algo puis des cours Python. Le meilleur cours python sur le net pour apprendre la programmation il est ici et c’est gratuit, c'est en fait un livre très bien fait et très complet qui est disponible gratuitement : apprendre à programmer avec Python par Gérard Swinnen
Sinon il y a aussi PERL pour la bio informatique mais c'est en perte de vitesse alors que Python est en hausse. Du coup c'est mieux de se focaliser sur Python, et une fois ceci fait peut être regarder un peu le PERL pour le code legacy.

Si tu veux vraiment une formation diplômante en informatique tu as le CNAM, l'AFPA, le DUT informatique année spéciale, les Licences Pro, mais vu que tu va déjà avoir un diplôme dans ta branche c'est pas spécialement obligatoire. Si tu vises le Master bio informatique tout sera déjà inclus dans le cursus bien que ça sera utile que tu bosses un peu la programmation par toi même et tu peux le faire ici (cours, livres, forum, FAQ, ...).

[-FloT-]

Bonjour,

Je travaille avec des bio-informaticiens donc je te confirme que les conseils de Pierre Louis Chevalier sont en plein dans le mille. Python est extrêmement populaire dans ce domaine, et l'algorithmique est cruciale. Je te recommanderais de garder un œil sur le développement web également, mais aussi sur les bases de données relationnelles, les scripts Bash un peu de R et les API REST. Tout ce que je vois arriver en bio-informatique (ou quasiment) s'appuie sur ces technologies.
Je te recommande aussi de ne pas négliger les aspects "biologie". Le programme de pharmacie n'ira pas très loin en génomique, protéomique, toutes ces sciences "omiques". Au mieux, le but est que les pharmaciens en ait une culture générale. Mais ce que tu décris sur le médicament et le drug design va plus vers la recherche pure, ou les phases de R&D très précoces. Alors quand tu auras des cours à option, favorise ceux-là dès que possible!
Pour commencer à aborder le sujet avant que tes cours n'en soient là, il y a quelques ressources qui me semblent intéressantes (encore une fois pas autant spécialisé que ce que tu mentionnes, mais un bon début sans aucun doute!). En voici quelques unes côté MOOCs:
https://www.fun-mooc.fr/courses/cour...elfpaced/about
https://www.edx.org/micromasters/usm...bioinformatics
https://fr.coursera.org/specializations/bioinformatics
https://fr.coursera.org/specializati...c-data-science
https://fr.coursera.org/learn/bioinformatics

En présentiel, tu peux jeter un œil par là:
https://www.sib.swiss/training/upcom...aining-courses (il y a celle-ci qui est hélas fermée mais qui, avec un peu de chance, offrira une deuxième session: https://www.sib.swiss/training/course/2019-11-cadd)
https://www.france-bioinformatique.fr/fr/elearning
http://portail-formation.cnam.fr/eco...e--200479.kjsp

Enfin, j'imagine que tu auras quelques stages à faire dans ton cursus. S'il n'y en a pas, ou pas de suite, tu es libre d'en faire par toi-même. Pareil, favorise la bio-informatique si tu peux dans tes stages obligatoires. Avec un peu de chance, ta faculté a un laboratoire de bio-informatique qui fait exactement ce que tu veux Sinon les centres de R&D des industries pharmaceutiques te permettront peut-être de trouver ton bonheur?