Discussion :

[stephanie.durieux]

Bonjour

Nous avons réalisé une ACP sur les individus d'une région X, en mettant en individus supplémentaires ceux d'une autre région Y

Nous avons ensuite fait une CAH sur le résultat de l'ACP (sur les individus de cette région X).

Nous voudrions savoir dans quelle classe de cette CAH se situent les individus de la région Y ?

Or dans le package Factoextra, nous ne trouvons pas de solution.

Quelqu'un connaitrait-il une procédure R pour y parvenir (soit en utilisant les centres de classe ou autre ?) ?

Vous remerciant par avance

[VonVelten]

Bonjour,

à ma connaissance il n'y a pas de méthode pour attribuer automatiquement les individus supplémentaires aux différents groupes.

Pour cela, il faut calculer les distances des individus supplémentaires aux différents centres de classes et les attribuer au plus proche.

Une idée de code pour réaliser cela :

Code R :

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coord.Gpes # Coordonnées des groupes, avec le nom des individus en nom de ligne
coord.Supp<# Coordonnées des individus supplémentaires , avec le nom des groupes en nom de ligne
coord.dist<-rbind(coord.coord,coord.Supp) # On superpose les deux
dist.Gpes<-as.data.frame(as.matrix(dist(coord.dist,diag=T,upper=T))) # On fait les calcules de distance, on obtient une matrice carré
dist.Gpes<-dist.Gpes[,names(dist.Gpes)%in%row.names(coord.Gpes)] # On garde les lignes ayant pour nom les individus supplémentaires
dist.Gpes<-dist.Gpes[!(row.names(dist.Gpes)%in%row.names(coord.Gpes),] # On garde les colonnes avec les centres de classes
# On obtient une matrice de distance avec en ligne les individus supplémentaires et en colonnes les centres de classes 
# On recherche la distance minimale (i.e. le groupe) pour chaque groupe
for(i in 1:247){
  dist.Gpes$Cluster[i]<-names(dist.Gpes)[which.min(as.numeric(dist.Gpes[i,1:nbGpe]))]
}

VV

[stephanie.durieux]

Merci beaucoup pour votre aide.

Je cherche la méthode pour extraire les coordonnées des centres de classe, je teste votre méthode et je vous tiens au courant.