Discussion :

[wilou32120]

Bonjour je ne suis pas très bon en script j'ai un problème ici pour calculer mon efficacité qui est égale à 10^(-1/slope)
j'ai ce script mais qui ne me prend pas la dernière colonne donc il me manque la dernière efficacité je met en pj image un bout du .csv



merci beaucoup pour votre aide:

Code :

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Gamme_eff<- read.table("Gamme_graphNA.csv", header=T, sep=";",dec=",", row.names = 1)
# efficiency = 10^(-1/slope)
 
names = c();
slopes = c();
r.squared = c();
efficiencies = c()
 
for(i in seq(1, length(colnames(Gamme_eff)), by=1)) 
{
  x = lm(t(cbind(t(Gamme_eff[,i]), t(Gamme_eff[,(i+1)]))) ~ c(log10(gam), log10(gam)));
  slopes = c(slopes, coef(x)[[2]]); names = c(names, names(Gamme_eff[i]));
  r.squared = c(r.squared, summary(x)$r.squared);
  efficiencies = c(efficiencies, 10^(-1/(coef(x)[[2]])));
}; rm(i, x)
 
efficiencie = data.frame('Genes' = names, 'Slope' = slopes, 'Rsquared' = r.squared, 'Efficiencie' = efficiencies)
write.table (efficiencie, file="efficacites_brutes_plaque2.csv", sep=";")

Merciiii

[faubry]

Quand on indique header=TRUE à read.table, alors le nombre d’éléments de la première ligne est inférieur d'une unité au nombre de colonnes des lignes suivantes, alors par défaut read.table considère que la première colonne contient le nom des lignes. Il n'y pas pas à donner de valeur à row.names sauf dans le cas où les deux nombres sont égaux et qu'une colonne contient les noms des lignes.