Discussion :

[Amniote]

Bonjour,

J'utilise le module NetWorkx afin de trouver toutes les chaines les plus courtes entre deux points d'un graphe.

Tout fonctionne bien à un détail prés; dès qu'il n'existe pas de chemins entre deux points, mon script s’arrête et ne travaille pas pour les autres couples (point de départ, point d'arrivée).

Du coup je voudrai savoir comment rajouter une condition pour que lorsque qu'il n'existe pas de chemins entre deux points, il me print le message suivant "Pas de chemin entre ces deux points" et continue avec les autres couples

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import networkx as nx
from collections import defaultdict
dd=defaultdict(set)
P=[]
 
#Fichier contentant tout les couples (point de dpépart, point d'arrivée) à tester
with open("3080_interactions_pour_736.txt","r") as f0:
	for lignes0 in f0:
		lignes0=lignes0.rstrip('\n').split(" ")
		prot1=lignes0[0]
		prot2=lignes0[1]
		couple=prot1,prot2
		P.append(list(couple))
	#print(P)
 
#Fichier contenant toutes les interactions binaires composant mon graphe
with open("736(int_connues_avec_scores_sup_0).txt","r") as f1:
	for lignes in f1:
		if lignes.startswith('9606'):
			lignes=lignes.rstrip('\n').split(" ")
			proteine1=lignes[2]
			proteine2=lignes[3]
			dd[proteine1].add(proteine2)
 
#Pour chaque couple de mon premier fichier, j'applique le module des plus courtes chaines:
for couples in P:
	prot1=couples[0]
	prot2=couples[1]
	Lchaines=([p for p in nx.all_shortest_paths(dd, source=prot1, target=prot2, weight=None)])
 
	print("")
	print("The first protein in the chain is", prot1)
	print("The last protein in the chain is", prot2)
	print("")
	print("Minimal size chain(s):")
	print("")
 
	for chaines in Lchaines:
 
		#Pour avoir des chaines de taille 11 maximum
		if len(chaines) <= 0:
			print("Pas de chaines")
		if len(chaines) <= 11:
 
			print(' '.join(chaines))
		else :
 
			print('ERROR - The minimum size of the chains exceeds the limit')
			break
	print("")
	print("xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx")

Voici le message d'erreur que je reçois :

Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\loisv\Desktop\pluscourtchemin.py", line 26, in <module>

Lchaines=([p for p in nx.all_shortest_paths(dd, source=prot1, target=prot2, weight=None)])

File "C:\Users\loisv\Desktop\pluscourtchemin.py", line 26, in <listcomp>

Lchaines=([p for p in nx.all_shortest_paths(dd, source=prot1, target=prot2, weight=None)])

File "C:\Users\loisv\AppData\Local\Programs\Python\Python37-32\lib\site-packages\networkx\algorithms\shortest_paths\generic.py", line 481, in all_shortest_paths

'from Source {}'.format(target, source))

networkx.exception.NetworkXNoPath: Target IKBKE cannot be reachedfrom Source LCK

Merci de votre aide

[Sve@r]

Bonjour

Du coup je voudrai savoir comment rajouter une condition pour que lorsque qu'il n'existe pas de chemins entre deux points, il me print le message suivant "Pas de chemin entre ces deux points" et continue avec les autres couples

Vu le message d'erreur, le souci arrive quand tu invoques Lchaines=([p for p in nx.all_shortest_paths(dd, source=prot1, target=prot2, weight=None)]) alors qu'il n'y a pas de chemin possible (le module networkx remonte une exception).

Donc, à moins que tu puisses détecter au préalable par un autre moyen qu'il n'y a pas de chemin disponible, te suffit de mettre cette instruction dans un try...except.

Et accessoirement, écrire une liste en intension sans critère ni action (ex (x for x in truc)) est inutile car ça peut se remplacer alors plus simplement par list(truc) (ou tuple(truc) si le résultat n'a pas besoin d'évoluer) => Lchaines=tuple(nx.all_shortest_paths(dd, source=prot1, target=prot2, weight=None))...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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prot1=lignes0[0]
prot2=lignes0[1]
couple=prot1,prot2
P.append(list(couple))

P.append(lignes0[0:2])