Discussion :

[pitchu]

Bonjour,

C'est possible de lancer une commande bash dans un script R ?
Par exemple

script.R

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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print("commande R")
echo "commande bash"

Sur le terminal

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ Rscript script.R
commande R
commande bash

[mgdondon]

Bonjour,

Vous pouvez regarder les commandes system() et shell().

Sous Windows :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> shell('echo "commande bash"')
"commande bash"

Cordialement,

[pitchu]

bonjour,

J'ai essayé de faire un script.sh qui prend en paramètre une chaine de caractère puis l'affiche, mais il ne prend pas en compte ce que je lui met en paramètre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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pathShell <- "C:/Users/user/cmder/vendor/git-for-windows/bin/bash.exe"
cmd <- paste0("script.sh", " -a ", "something")
 
shell(cmd = cmd, shell = pathShell)

script.sh

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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val="nothing"
 
while getopts 'a:' opt; do
case $opt in
    a) val=$OPTARG    ;;
 
esac
done
 
echo $val

[mgdondon]

Bonjour,

Les paramètres positionnels peuvent être appelés à l'aide des expressions $1, $2... ${10}, ${11}.



Vous pouvez regarder du côté du logiciel Emacs qui permet d'avoir des documents avec des commandes bash et du code R.

Cordialement,

[pitchu]

Bonjour,

Mon script ne me renvoie pas ce que je lui met en paramètre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> pathShell <- "C:/Users/user/cmder/vendor/git-for-windows/bin/bash.exe"
> cmd <- "./script/script.sh bonjour"
 
> shell(cmd = cmd, shell = pathShell)
Le 1er paramètre est :

script.sh

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
echo "Le 1er paramètre est : $1"

Quand je passe par git-bash.exe:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> pathShell <- "C:/Users/user/cmder/vendor/git-for-windows/git-bash.exe"
> cmd <- "./script/script.sh bonjour"
> shell(cmd = cmd, shell = pathShell)

j'obtiens cette erreur:

[pitchu]

Bonjour,

Apparemment le problème venait d'une mauvaise écriture du chemin, il fallait utiliser les "\\" comme séparateur et pour écrire la commande j'ai utilisé la fonction shQuote()

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> path <- 'C:\\Users\\user\\cmder\\vendor\\git-for-windows\\bin\\bash.exe'
> cmd <- shQuote("echo bonjour", type="sh")
> shell(cmd = cmd, shell = path)
bonjour

Merci de votre aide.