Création d'un site web pour bio-informaticien

**LaraFarron** · 28/05/2019, 15h01

Bonjour,

Je débute dans la programmation web et je souhaiterai réaliser un site web avec une interface simple similaire à celui-ci http://didac.free.fr/seq/dna2pro.htm dans lequel on pourrai insérer une séquence d'ADN et que cette dernière soit découpée tout les N caractère. J'ai tenté de faire ça en php mais le soucis c'est que ça renvoi forcément sur une autre page web (avec un script.php) or ce que je voudrai c'est que le résultat s'affiche directement lorsque j'insère la séquence, alors je ne sais pas si c'est faisable en php ou si ce n'est réservé qu'en JAVAscript.

Pour que vous puissiez voir une séquence FASTA ressemble à ça:

>gi|373251181|ref|NG_001742.2| Mus musculus olfactory receptor GA_x5J8B7W2GLP-600-794 (LOC257854) pseudogène on chromosome 2
AGCCTGCCAAGCAAACTTCACTGGAGTGTGCGTAGCATGCTAGTAACTGCATCTGAATCTTTCAGCTGCT
TGTTGGGCCTCTCACAAGGCAGAGTGTCTTCATGGGACTTTGATATTTATTTTTGTACAACCTAAGAGGA

Je m'excuse d'avance si je n'ai pas poster la discussion au bon endroit

Je vous remercie

**kevin254kl** · 29/05/2019, 14h02

Salut,

Tu peux faire ça en ajax https://programmation-facile.develop...2-0-avec-ajax/
Ou en javascript à toi de voir.
On peut voir ton code?

Invité · 29/05/2019, 14h19

Bonjour,

affiche le code de la page que tu donnes en lien : "Ctrl"+"U"

On trouve notamment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

<script type="text/javascript" src="js/dna2pro.js"></script>

Clic sur js/dna2pro.js -> affiche le code du fichier.

**LaraFarron** · 29/05/2019, 16h11

Merci à tous pour vos réponses ;
J'ai essayer de faire ça en php (donc renvoi sur un script.php )

Le voici :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
 
//----------- Extract sequence from POST data...
$allsequences=isset($_POST["sequences"]) ? $_POST['sequences'] : NULL;
$len=strlen($allsequences);
if ($allsequences){print split_sequences();}
 
//----------- Imposer une limite maximum de taille (here 5MB)-----------------------
if ($len>5000000) {
	die("Error: ce service ne traite pas les demandes d’entrée plus longues que 5,000,000 bp."); // E.Coli 4,641,652 (NCBI)
    }
 
//-----------Supprimer élements inutiles séquence-------------------
 
	// supprime les retours chariot ("\ r"), mais ne supprime pas les sauts de ligne ("\ n")
	$allsequences=preg_replace("/\r/","",$allsequences);   
 
//----------- Découper les fragments en 10pb avec écart de 3pb
 
//on coupe la séquence tout les 10 caractères
 
$count=0; 
function split_sequences($allsequences){
$result = "";
$tab_allsequences=str_split($allsequences,10);
for($i=0;$i<count($tab_allsequences);$i=$i+3){
	$result.=$tab_allsequences[$i].tab_allsequences[$i+1];
	}
	return $result;
}
 
 
// -------------Affichage du temps de traitement -----------------
$timestart=date("U");
 
// -------------Affichage de la longueur de la séquence -------------
       // echo("Longueur de la séquence: ".$_POST["len"]);
 
// ------------- Afficher le temps nécessaire pour le traitement de la tâche-----------
		$timetotal=date("U")-$timestart;
		print "<p>Computed in $timetotal seconds<br>";
 
// ---------- Faire le format de sortie----------------
 
echo <<<_END
<html><head><title>Découpage séquence ADN</title></head></html><body>
<p style="text-align: center;">
<div style="background:#99cc99; width:20%; padding: 2px; font-weight:bold;">S&#233quence d'ADN</div>
<textarea id="sequence" style="border: solid 1px #99cc99; width: 100%; margin: 0px; padding: 2px;" rows="20" cols="45"></textarea></body>
_END;
 
echo "<br />" . $allsequences;
?>

sauf que rien ne s'affiche…. (j'ai biensur installé Wamp server et lancé le script php depuis la bas)

Invité · 29/05/2019, 18h07

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php 
header('Content-type:text/html; charset=UTF-8');	// encodage UTF-8
error_reporting(E_ALL); 	// en TEST !!
//--------------
// Affichage du temps de traitement
$timestart=date("U");
//--------------
// on coupe la séquence tout les 10 caractères
function split_sequences($allsequences){
$result = "";
$tab_allsequences=str_split($allsequences,10);
for($i=0;$i<count($tab_allsequences);$i=$i+3){
	$result.=$tab_allsequences[$i].$tab_allsequences[$i+1];
	}
	return $result;
}
//--------------
// Extract sequence from POST data...
$sequences=isset($_POST["sequences"]) ? $_POST['sequences'] : '';
//--------------
// Supprimer élements inutiles séquence
// supprime les retours chariot ("\ r"), mais ne supprime pas les sauts de ligne ("\ n")
$allsequences=preg_replace("/\r/","",$sequences);   
//--------------
?>
<!doctype html>
<html>
<head>
	<meta charset="utf-8" />
	<title>Découpage séquence ADN</title>
</head>
<body>
<form method="post" action="">
	<label for="idsequences" style="display:inline-block;text-align:center;background:#99cc99; width:20%; padding: 5px; font-weight:bold;">Séquence d'ADN</label>
	<textarea id="idsequences" name="sequences" style="border: solid 1px #99cc99; width: 100%; margin: 0px; padding: 2px;" rows="20" cols="45"><?php echo $sequences; ?></textarea>
	<button type="submit">Envoyer</button>
</form>
<?php
if ( !empty($allsequences) )
{ 
	//--------------
	// Imposer une limite maximum de taille (here 5MB)
	$len=mb_strlen($allsequences);
	if($len>5000000) 
	{
		die("Error: ce service ne traite pas les demandes d’entrée plus longues que 5,000,000 bp."); // E.Coli 4,641,652 (NCBI)
	}
	//--------------
	echo '<p>'.$allsequences.'</p>'; 
	//--------------
	// Découper les fragments en 10pb avec écart de 3pb
	echo '<p>'.split_sequences($allsequences).'</p>'; 
}
//--------------
// Afficher le temps nécessaire pour le traitement de la tâche
$timetotal=date("U")-$timestart;
echo "<p>Computed in $timetotal seconds</p>";
?>
</body>
</html>

**LaraFarron** · 31/05/2019, 09h27

Merci beaucoup pour l'aide!

Le site s'affiche mais je n'ai pas l'impression que la fonction que j'ai défini coupe bien les séquences comme je le souhaite (elle devrait les couper tout les 10 caractères avec un écart de 3)...

EDIT: Non autant pour moi, suffit juste de le faire avec une boucle est tout rentre dans l'ordre !!

Création d'un site web pour bio-informaticien

Langage PHP

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