Discussion :

[wiztricks]

les chemins restent bien les mêmes ? je ne vois pas en quoi cela bloque l'algorithme...

Cela ne le bloque en rien, c'est le résultat qui est différent.

Après si vous voulez comprendre pourquoi votre code fait çà, il faut avoir la patience de tracer les différentes étapes réalisées par le code sur une feuille de papier. C'est laborieux, j'en conviens mais c'est le seul moyen pour apprendre à maîtriser ce genre de code.

- W

[Amniote]

Cela ne le bloque en rien, c'est le résultat qui est différent.

Après si vous voulez comprendre pourquoi votre code fait çà, il faut avoir la patience de tracer les différentes étapes réalisées par le code sur une feuille de papier. C'est laborieux, j'en conviens mais c'est le seul moyen pour apprendre à maîtriser ce genre de code.

- W

J'ai continué mon script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import sys
sys.setrecursionlimit(1000000)
from collections import defaultdict
dd = defaultdict(set)
L=[]
 
proteine1 = (input("Enter the first protein in the chain : "))
proteine2 = (input("Enter the last protein in the chain : "))
 
with open("chaines fictives.txt","r") as f1:
	for lignes in f1:
		#if lignes.startswith('9606'):
		lignes=lignes.rstrip('\n').split(" ")
		prot1=lignes[0]
		prot2=lignes[1]
		dd[prot1].add(prot2)
	print(dd)
 
def chain(proteine1, proteine2, maillon, pathway, limite=10): 
	next_= maillon.get(pathway[-1])
 
	if len(pathway) < limite  :
		for m in next_:
			if m not in pathway:
 
				if m != proteine2:
					yield from chain(proteine1, proteine2, maillon, pathway + [m])
 
				if m==proteine2 and pathway[0]==proteine1:
						pathway.append(m)
						yield pathway
 
for k in proteine1:
	for z in chain(proteine1,proteine2, dd, pathway = [k]):
		if z not in L:
			L.append(z)
 
for z in L:
	min_len=min(len(z) for z in L)
	mins=[z for z in L if len(z) == min_len]
print("")
print(L)
print("")
for chaine in mins:
	print(' '.join(chaine))

Il fonctionne très bien sur mon fichier test :

1 4
4 1
1 6
6 1
1 66
66 1
4 9
9 4
6 9
6 66
66 6
9 6
9 33
33 9
9 66
66 9

Cependant lorsque je change les nombres par des vrais noms de protéines:

INS TRA
TRA INS
INS CLO
CLO INS
INS GLUS
GLUS INS
TRA GHG
GHG TRA
CLO GHG
CLO GLUS
GLUS CLO
GHG CLO
GHG BBB
BBB GHG
GHG GLUS
GLUS GHG

le message d'erreur suivant s'affiche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Enter the first protein in the chain : INS
Enter the last protein in the chain : TRA
 
defaultdict(<class 'set'>, {'INS': {'TRA', 'CLO', 'GLUS'}, 'TRA': {'GHG', 'INS'}, 'CLO': {'GHG', 'GLUS', 'INS'}, 'GLUS': {'GHG', 'CLO', 'INS'}, 'GHG': {'TRA', 'CLO', 'GLUS', 'BBB'}, 'BBB': {'GHG'}})
Traceback (most recent call last):
 
  File "taillemin.py", line 34, in <module>
    for z in chain(proteine1,proteine2, dd, pathway = [k]):
  File "taillemin.py", line 23, in chain
    for m in next_:
TypeError: 'NoneType' object is not iterable

A quoi cela est-il dû ? Comment puis-je corriger ça ?

Merci

[wiztricks]

A quoi cela est-il du ? Comment puis-je corriger ça ?

Le message d'erreur dit que next_ est None.

Et comme cette variable a été construite avec next_= maillon.get(pathway[-1])
, la commande magique "print" devrait afficher ce qu'est pathway[-1] et vous suggérer que vous avez peut être fait une bourde dans les paramètres d'appel à cette fonction.

Et réaliser qu'une erreur ne se manifeste pas toujours immédiatement, d'où la nécessité d'une certaine rigueur et d'un apprentissage à la programmation pour savoir remonter à la cause de la cause de la cause...

- W

[Amniote]

Le message d'erreur dit que next_ est None.

Et comme cette variable a été construite avec next_= maillon.get(pathway[-1])
, la commande magique "print" devrait afficher ce qu'est pathway[-1] et vous suggérer que vous avez peut être fait une bourde dans les paramètres d'appel à cette fonction.

Et réaliser qu'une erreur ne se manifeste pas toujours immédiatement, d'où la nécessité d'une certaine rigueur et d'un apprentissage à la programmation pour remonter à la cause de la cause de la cause...

- W

J'ai l'impression que le "get" va prendre uniquement la première lettre de la protéine.
Cela viens du "get" je suppose. Il faut donc que je trouve une autre fonction pour remplacer le get ?

[wiztricks]

Cela viens du "get" je suppose. Il faut donc que je trouve une autre fonction pour remplacer le get ?

Comment çà vous supposez? Vous avez la possibilité de le vérifier en affichant avec "print" le contenu de pathway, pathway[-1]... Et juger de la pertinence de votre hypothèse.
- W