Discussion :

[Amniote]

Bonjour,

J'ai un fichier comme ceci :

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clq       0.0   1.296   1.336   1.334   1.326   1.312   
cla       1.296 0.0     1.308   1.29    1.297   1.305   
cln       1.336 1.308   0.0     1.373   1.326   1.32    
clm       1.334 1.29    1.373   0.0     1.323   1.315   
clr       1.326 1.297   1.326   1.323   0.0     1.304   
cll       1.312 1.305   1.32    1.315   1.304   0.0

et un code perl comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $fichier = "gcont_".$taxoid.".dist";
open (F1, "/home/gcadars/matrice/matrice2/$fichier") or die ("pb fichier: $fichier\n"); 
 
#Récupération des informations du fichier dans un double hash
my ($axex, $axey);
my @z; 
while (my $ligne=<F1>) {
}

Je souhaite compléter ce code pour sélectionner :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$axex = la première colonne sauf le 6
$axey = la première colonne sauf le 6
@z = 0.0   1.296   1.336   1.334   1.326   1.312   
       1.296 0.0     1.308   1.29    1.297   1.305   
      1.336 1.308   0.0     1.373   1.326   1.32    
       1.334 1.29    1.373   0.0     1.323   1.315   
       1.326 1.297   1.326   1.323   0.0     1.304   
       1.312 1.305   1.32    1.315   1.304   0.0

$axex correspondra aux valeurs des abscisses d'une heatmap
$axey correspondra aux valeurs des ordonnées de la heatmap
@z correspondra aux valeurs de la heatmap

Pouvez-vous m'aider mes premières tentatives ne marchant pas...

Cordialement,

Merci

[Puppet_Master]

Bonjour Amniote.

Voici un exemple pour vous:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
# creation du fichier de donnée d'exemple
my $data_file = <<EOF
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clq 0.0 1.296 1.336 1.334 1.326 1.312
cla 1.296 0.0 1.308 1.29 1.297 1.305
cln 1.336 1.308 0.0 1.373 1.326 1.32
clm 1.334 1.29 1.373 0.0 1.323 1.315
clr 1.326 1.297 1.326 1.323 0.0 1.304
cll 1.312 1.305 1.32 1.315 1.304 0.0
EOF
;
 
open my $file, '>', 'data_file.txt';
print {$file} $data_file;
close $file;
 
# lecture du fichier
open my $f, '<', 'data_file.txt';
my @data = <$f>;
close $f;
 
# mes 3 varables
my ( @x, @y, @z );
 
# parsing
foreach my $i ( @data )
{
    # echap les ligne qui commance par un chiffre
    next unless ( $i =~ /^[^0-9]/ );
 
    chomp( $i );
 
    # decoupage de la ligne
    my @t = split / /, $i;
 
    # ajoute au bon tableau
    push @x, shift @t;
    push @z, \@t;
}
 
# copie x -> y
@y = @x;
 
# affichage des données
print '@x = ', join ' ', @x, "\n";
print '@y = ', join ' ', @x, "\n";
foreach my $i (0..5)
{
    print '@z['.$i.'] = ', join ' ' , @{$z[$i]}, "\n";
}
 
__END__

Affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@x = clq cla cln clm clr cll 
@y = clq cla cln clm clr cll 
@z[0] = 0.0 1.296 1.336 1.334 1.326 1.312 
@z[1] = 1.296 0.0 1.308 1.29 1.297 1.305 
@z[2] = 1.336 1.308 0.0 1.373 1.326 1.32 
@z[3] = 1.334 1.29 1.373 0.0 1.323 1.315 
@z[4] = 1.326 1.297 1.326 1.323 0.0 1.304 
@z[5] = 1.312 1.305 1.32 1.315 1.304 0.0

[Amniote]

Merci beaucoup pour votre réponse rapide et précise !

[Puppet_Master]

Je ne sais pas ce que vous allez faire avec le script perl mais si par hasard vous utilisez R pour faire vos heatmap il y a un petit module pour perl:

Statistics::R => https://stoyak.developpez.com/tutori...tre-r-et-perl/

et faire un truc comme ça rapidement:

[Amniote]

J'ai pour consigne de créer ma heatmap à partir du script présent à cette adresse : https://plot.ly/javascript/heatmaps/ (j'utilise la heatmap "Annotated Heatmap").

J'ai suivi votre exemple pour créer ma heatmap :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Ouverture du fichier test
 
my $fichier = "gcont_83333.dist";
open (F1, "/home/gcadars/matrice/matrice2/$fichier"); 
 
# Mes 3 variables
my ( @x, @y, @z );
 
# Parsing
foreach my $i ( $fichier )
{
    # echap les ligne qui commance par un chiffre
    next unless ( $i =~ /^[^0-9]/ );
 
    chomp( $i );
 
    # decoupage de la ligne
    my @t = split / /, $i;
 
    # ajoute au bon tableau
    push @x, shift @t;
    push @z, \@t;
}
 
# copie x -> y
@y = @x;
 
### FIN ###
 
#Heatmap
 
print <<EOF;
 
	</table> </td>
	</tr>
	</table>
	</fieldset>
	<fieldset class='accueil'> <legend>&nbsp;HEATMAP&nbsp;</legend>
	<head>
  <!-- Plotly.js -->
  <script src="https://cdn.plot.ly/plotly-latest.min.js"></script>
</head>
 
<body>
 
  <div id="myDiv"><!-- Plotly chart will be drawn inside this DIV --></div>
  <script>
 
var xValues = @x;
 
var yValues = @y;
 
var zValues = @z;
 
var colorscaleValue = [
  [0, '#ffffff'],
  [0.1, '#ffe8e8'],
  [0.2, '#ffd1d1'],
  [0.3, '#ffbcbc'],
  [0.4, '#ff9999'],
  [0.5,'#ff7f7f'],
  [0.6, '#ff6363'],
  [0.7, '#ff4c4c'],
  [0.8, '#ff3232'],
  [0.9, '#fc1b1b'],
  [1, '#ff0000']
];
 
var data = [{
  x: xValues,
  y: yValues,
  z: zValues,
  type: 'heatmap',
  colorscale: colorscaleValue,
  showscale: true
}];
 
var layout = {
  title: 'AAI Heatmap',
  annotations: [],
  xaxis: {
    ticks: '',
    side: 'top'
  },
  yaxis: {
    ticks: '',
    ticksuffix: ' ',
    width: 700,
    height: 700,
    autosize: false
  }
};
 
for ( var i = 0; i < yValues.length; i++ ) {
  for ( var j = 0; j < xValues.length; j++ ) {
    var currentValue = zValues[i][j];
    if (currentValue != 0.0) {
      var textColor = 'black';
    }else{
      var textColor = 'black';
    }
    var result = {
      xref: 'x1',
      yref: 'y1',
      x: xValues[j],
      y: yValues[i],
      text: zValues[i][j],
      font: {
        family: 'Arial',
        size: 12,
        color: 'rgb(50, 171, 96)'
      },
      showarrow: false,
      font: {
        color: textColor
      }
    };
    layout.annotations.push(result);
  }
}
 
Plotly.newPlot('myDiv', data, layout, {showSendToCloud: true});
  </script>
</body>
	<p></>
	</fieldset>
	<td> <table> 
EOF

Malheureusement la heatmap ne prends pas en compte les données de mon fichier...

Cependant avec ce code là j'obtiens un résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#lecture du fichier
 
open my $f, '<', '/home/gcadars/matrice/matrice2/gcont_83333.dist';
my @data = <$f>;
close $f;
 
#open my $fichier, '>>', "/home/gcadars/matrice/matrice2/gcont_2301.dist";
 
# mes 3 varables
my ( @x, @y, @z );
 
# parsing
foreach my $i ( @data )
{
    # echap les ligne qui commance par un chiffre
    next unless ( $i =~ /^[^0-9]/ );
 
    chomp( $i );
 
    # decoupage de la ligne
    my @t = split / /, $i;
 
    # ajoute au bon tableau
    push @x, shift @t;
    push @z, \@t;
}
 
# copie x -> y
@y = @x;
 
# affichage des données
print '@x = ', join ' ', @x, "\n";
print '@y = ', join ' ', @x, "\n";
foreach my $i (0..5)
{
    print '@z['.$i.'] = ', join ' ' , @{$z[$i]}, "\n";
}

J'obtiens ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@x = ecj ebw ecok eco ecd 
@y = ecj ebw ecok eco ecd 
@z[0] =       0.0	3.598	3.275	3.675	3.585	 
@z[1] =       3.598	0.0	3.201	3.618	3.497	 
@z[2] =      3.275	3.201	0.0	3.232	3.157	 
@z[3] =       3.675	3.618	3.232	0.0	3.535	 
@z[4] =       3.585	3.497	3.157	3.535	0.0	 
@z[5] =

Merci encore de votre aide

(IL doit y avoir beaucoup d'aberrations dans mon script mais c'est la toute première fois que je touche à du perl...)

Merci encore de votre aide