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Projets Discussion :

modélisation/numérisation d'une réaction biochimique


Sujet :

Projets

  1. #1
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    Par défaut modélisation/numérisation d'une réaction biochimique
    Bonjour à toutes/tous,

    débutant dans la programmation,avec une idée directrice que je voudrais vous présenter...
    Modéliser/numériser une réaction biochimique (au choix,simple de préférence pour commencer),
    qui a lieu dans le corps humain.En volume et en temps.
    Petit nombre de réactifs,pas de réactions en cascade,ou peu,
    je ne veux pas m'attaquer au cycle de Krebs (pas tout de suite)!!!
    Numériser cette réaction donc,au plus près du naturel,quantitatif et qualitatif.
    Algorithmiser cette réaction,puis...en déduire l'algorithme inverse.
    Celui qui permettra à partir des produits finaux de remonter aux produits initiaux.
    Avec pourquoi pas un certain nombre de variables,ajustables suivant les individus.
    On n'a pas tous le même taux de ceci,de cela...
    J'ai pensé à la digestion d'un aliment,pomme de terre par exemple,
    ou même l'absorption d'un verre de lait,ou d'eau...
    Python serait-il un bon choix pour ce projet ?
    En vous remerciant pour vos idées.
    Marcus

  2. #2
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    Bonjour,

    La description me semble flou. Que souhaitez-vous faire ? Une modélisation graphique, ou juste un programme qui calcule et donne un résultat ?
    Python est, d'après moi, un bon langage pour les débutants ou pour les non programmeurs. Pour cela il me semble bon ou du moins, un bon point de départ.
    Vous souhaitez participer à la rubrique 2D/3D/Jeux ? Contactez-moi

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  3. #3
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    Citation Envoyé par Prog-rameur-54321 Voir le message
    Modéliser/numériser une réaction biochimique (au choix,simple de préférence pour commencer),
    qui a lieu dans le corps humain.En volume et en temps.
    Marcus
    salut Marcus au départ il faut suggérer de commencer le plus simple possible avant d'embrayer des tas de possibilités techniques.
    Ensuite pour ce qui est des algorithmes je ne pense pas que visuellement il y ait des choses extraordinaires, l'agitation moléculaire c'est soit la collision de particules soit la liaison entre particules.
    Donc visuellement une molécule cela se représente par une sphère.
    Un outil comme Unity suffira ; avec le langage script intégré cela permettra de mettre en applications des algorithmes particuliers

  4. #4
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    Par défaut merci pour les réponses !
    Bon,la démarche de base est complexe,et celle exposée en est une forme simple...
    Au niveau macroscopique,la plupart des digestions d'un aliment donné se ressemblent.
    En descendant l'échelle de l'observation,on va trouver de plus en plus de différences
    entre divers individus,suivant pas mal de paramètres physico-chimiques quantitatifs et
    qualitatifs à determiner,suivant divers paramètres tels que les besoins de l'organisme avant
    l'ingestion,l'activité pendant la digestion...
    Pour un même individu,la digestion du même aliment aura des nuances suivant l'état
    avant la digestion,pendant la digestion...
    Au niveau autopsie,on arrive à remonter le temps sur quelques heures voire plus,
    on peut en déduire des habitudes de vie,mais je ne crois pas que le procédé soit
    algoritmisé.
    Je souhaite modéliser/numériser un cadre de départ relativement simple,
    le développer,et si possible trouver l'algo inverse.
    Merci.

  5. #5
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    Par défaut
    Bonjour,
    petit suivi de ma file,
    je viens de trouver un lien INRA
    http://www.versailles-grignon.inra.f...estion-aliment
    je vais le consulter...
    Marcus

  6. #6
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    Par défaut reprise de la file
    bonsoir,
    suite interruption pour cause d'affaire familiale,je tente une reprise du sujet,
    pour ceux que ça intéresse bien sûr.
    Je suis déterministe.Si le verbe 'exister' a un sens,
    le passé existe-t-il ? Non.Le futur existe-t-il ? Non plus.
    (Si quelqu'un pense le contraire,qu'il le dise)
    La définition du déterminisme,celle du Maréchal Laplace,
    grand scientifique sous Napoléon ...
    'Tout phénomène qui se produit est la conséquence d'un phénomène précédent,
    et lui-même la cause d'un phénomène suivant'
    Constatation de base : quoiqu'on fasse,on est toujours dans le présent.
    (Les décalages horaires ne changent rien)
    Le temps n'existe pas.C'est le mouvement qui existe,dicté par les propriétés
    de la matière et des ondes.
    Le 'temps' est un artifice de calcul,une journée n'est qu'une rotation de la Terre sur elle-même,
    une année une rotation autour du soleil...Le temps est un mouvement.
    (Voir comment la notion de 'temps' est née chez l'espèce humaine il y a quelques dizaines de milliers d'années.)
    (Par l'observation répétée et la compréhension des cycles 'naturels',(saisons entre autres)et la conséquence naturelle,
    le passage du stade chasse-cueillette au stade élevage-culture.)
    Or,le mouvement obéit aux lois de la matière,il est engendré par l'attraction des masses et l'attraction-répulsion des charges.
    Tout est calculé,tout est mathématique.
    Nous sommes donc dans un 'logiciel',un méga-log.
    Ps:bien entendu,la biologie -biochimie n'y échappe pas.Nous non plus.
    A plus.

  7. #7
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    Citation Envoyé par Prog-rameur-54321 Voir le message
    Le temps n'existe pas.C'est le mouvement qui existe,dicté par les propriétés
    de la matière et des ondes.
    c'est un peu une tautologie ce que vous écrivez car le temps c'est un concept principalement abstrait.
    Cependant matériellement et concrètement le temps c'est l'alternance de la nuit et du jour après si on veut procéder à des subdivisions du temps vers la plus petite fraction de seconde possible il faut que vous achetiez une horloge atomique...

    Citation Envoyé par Prog-rameur-54321 Voir le message
    Or,le mouvement obéit aux lois de la matière
    ça c'est une vision très matérialiste ( matérialiste au sens philosophique des choses) mais quid de l'âme des choses ?
    Et les 4 causes d'Aristote qu'est ce que vous en faites ?


    Maintenant si vous voulez vous lancer dans des spéculations de la métaphysique je ne pense pas que ça soit le bon forum...
    concernant le concept du temps je vous suggère d'écouter les vidéos d'Etienne Klein notamment.

  8. #8
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    Modéliser/numériser une réaction biochimique
    On s'est drôlement écarté du sujet ...

  9. #9
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    Bon,c'est vrai que c'est pas simple...le 'temps' n'a rien d'abstrait , d'ailleurs 'l'abstrait' ça n'existe pas .
    Toute 'abstraction' ou imagination , ou 'travail de l'esprit' n'a rien d'abstrait .
    Tout 'travail cérébral' conscient (réflexion) ou non (imagination , rêves...) est le résultat d'un colossal bouillonnement
    de micro-courants électriques , de cellules (neurones et autres) alimentées par les sens .
    Que du concret , rien d'abstrait . Que d'arnaques commises au nom de l'abstrait , de l'indicible ,de l'inaccessible soi-disant .
    Pourquoi conserve-t-on des aliments au frigo ? Parce que le froid ralentit le mouvement des molécules . Prolonge la durée de vie .
    Et ralentit donc leur vieillissement en ralentissant les oxydations.
    Ceci dit la conservation par la surcongélation (ex mammouths et autres) a des progrès à faire.
    Des sociétés le proposent post-mortem d'ailleurs.
    Bon,l'abstrait n'existe pas , le temps n'existe pas (le mouvement existe),le passé n'existe pas , le futur n'existe pas ...
    Nous sommes dans un immense programme , dont le cerveau humain découvre des petits bouts , mais ça avance.
    'Tout est mathématique' titre d'une conférence d'un de nos grands mathématiciens(ex candidat à la mairie de Paris)
    Le lien avec ce site ? La rétroingéniérie !
    Si la remontée du 'temps' est possible , elle ne peut se faire que dans le présent !
    En numérisant (algorithmisant) des 'tranches de vie modèles' et en les inversant .
    Le temps est insaisisable , le mouvement est numérisable , mémorisable , et inversible .
    Récupérer des images biologiques 3D numérisées du passé , et les retraduire dans le réel (voir les progrès des imprimantes biologiques) ,
    ça ouvre des perspectives , non ? on pourrait 'corriger' le passé à volonté (bon , mais là il faut de la ressource ... le quantique ? )

    ps : tout ce qui s'est produit (qui se produit,et qui se produira) depuis la naissance de l'Univers devait se produire , la notion de culpabilité est une erreur . Fatalitas !!!

  10. #10
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    Par défaut Petit complément au chapître précédent
    Un petit complément pour les scientifiques : l'infini n'existe pas !!!
    Tout ce qui existe peut être atteint .

  11. #11
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    bonsoir prog-rameur en effet ce sujet finit par dériver vers l'infini et je vous conseillerais de mettre des limites tout de même vos à divagations cérébrales tout de même
    Sinon vos circonvolutions neuronales au bout du compte risque d'en prendre un coup
    on a beau avoir inventé le metaverse mais un jour ou l'autre on ne sait plus trop bien où l'on est sur terre
    Pour ce qui est de la création de l'univers mathématiquement faut lire les livres de Max Tegmark

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